Но, увы, не пожелала императорская академия почтить «себя самое». Ошеломленный Бутлеров прямо на повестке, приглашавшей его на заседание 11 ноября 1880 года, набросал результат выборов: «Забаллотирован: 10 черн., — 9 белых. Очевидно — черные: Литке (2), Веселовский, Гельмерсен, Шренк, Максимович, Штраух, Шмидт, Вильд, Гадолин. Белые: Буняковский, Кокшаров, Бутлеров, Фамицын, Овсянников, Чебышев, Алексеев, Струве (!), Савич».
Сразу же после того, как стал известен результат выборов, делопроизводитель Русского химического общества Н. Меншуткин разослал многим членам общества текст протеста, предназначавшегося для помещения в газетах. «Бесспорность заслуг кандидата, — говорилось в этом протесте, — которому равного русская наука представить не может, известность его за границей делают совершенно необъяснимым его забаллотирование». Почти все химики, к которым обратился Меншуткин, с готовностью подписали протест.
Академические выборы состоялись после ноябрьского заседания РХО, поэтому у коллег Менделеева было достаточно времени, чтобы к следующему заседанию общества подготовить настоящее чествование Дмитрия Ивановича. Он был избран почетным членом общества, и ему был преподнесен адрес, в котором, между прочим, говорилось: «Настоящее приветствие и предложение Вас в почетные члены получило лишь внешний толчок от общего волнения, вызванного известным событием 11-го ноября, но каждый из нас уже давно чувствовал нравственную обязанность признать и венчать пророка и в отечестве своем».
Возбуждение, внесенное академическими выборами 1880 года в жизнь русского общества, оказалось столь сильным, что не могло уже быть удержанным в рамках ученой корпорации и научных учреждении. Поэтому последствия, забаллотирования Менделеева оказались гораздо серьезнее, чем мог даже предполагать Веселовский, затевая свою интригу. Так, воспользовавшись тем, что имя Менделеева было у всех на устах, газета «Голос» открыла подписку на премию имени Менделеева. Подписка прошла успешно, и уже в феврале 1881 года редакция передала химическому обществу 3505 рублей. Но Дмитрий Иванович просил при его жизни премий его имени не присуждать, поэтому пожертвованный капитал приращивался процентами и к 1907 году составил около 15 тысяч рублей. Премии имени Менделеева начали присуждаться с 1910 года, и в числе ученых, награжденных ею, мы встречаем имена Д. Коновалова, Н. Курнакова, А. Думанского, В. Хлопина и других.
Из всех химиков, к которым обратился Меншуткин, отказался подписать протест один лишь Бейльштейн. И это обстоятельство наряду с тем, что он отчасти противопоставлялся Менделееву как кандидат, дало повод некоторым газетам причислить его к так называемой «немецкой партии».
С другой стороны, и некоторые из академиков нерусского происхождения позволили себе высказывания, которые лучше было бы оставить при себе. Один из них подлил масла в огонь, простодушно удивляясь поднявшейся полемике: «Да ведь Академия вовсе не русская; она — Императорская Академия!» Другой имел неосторожность публично заявить Бутлерову, что академическое большинство верит не ему, русскому академику, а верит боннскому профессору Кекуле; и что, вообще-то говоря, академия неподсудна русским ученым… Случилось то, чего опасался Бутлеров. Вместо разговора о реакционности академии, о ее оторванности от живого развития русской науки, о ее самоизоляции получился разговоре борьбе «русской» и «немецкой» партии, о немецком засилье и так далее. Тогда выходило: Менделеев не был избран потому, что был русским, а не потому, что его неукротимая энергия и передовые по тому времени общественные взгляды угрожали тлетворному духу, насаждавшемуся в академии Веселовским. Тогда выходило: Бейльштейн устраивал Веселовского только потому, что происходил из немцев, а не потому, что он обладал тихим, покладистым характером и никогда бы не вступил в конфликт с академическим начальством.
Сейчас, когда злоба дня отлетела от этих давно минувших событий, мы с гордостью можем отметить, что лучшие представители отечественной науки не унизились до такого националистического толкования академического конфликта 1880 года. Сам Бутлеров, центральная фигура конфликта, не уставал повторять: «В своем научном развитии я многим обязан западноевропейской науке и привык относиться, к ней с должным уважением. С другой стороны, с прошедшим пашей Академии связаны столь блестящие имена, чужие по звуку, но родные нам по великим заслугам пред Россией, что нельзя не преклониться пред ними с полным уважением. Я был поэтому весьма далек от каких-либо скороспелых выводов, основанных на внешности…» Александр Михайлович не допустил также и нападок на Бейльштейна только за то, что тот был нерусского происхождения. Он все время подчеркивал, что Бейльштейн заслуженный трудолюбивый ученый, но, «отводя в нашей науке г-ну Бейльштейну почетное место, вполне им заслуженное, нет надобности принижать для этого других ученых, стоящих выше его…».