11 мая в стране было объявлено военное положение. В декрете ВЦИК и Совета Труда и Обороны в числе других предлагалось «принять все меры к полному обеспечению целости и сохранности путей сообщения, складов и запасов военного и иного имущества, фабрик, заводов, мастёрских и т. п., обратить особое внимание на безостановочную работу телеграфной и телефонной сети».
Это были не напрасные меры: в мае заполыхали военные склады в Хорошеве под Москвой, потом — склад военного имущества в Туле, рухнул в воду взорванный диверсантами мост через реку Плиссу в Белоруссии.
Менжинский в эти тревожные дни почти не спит. Анализирует ошибки, изыскивает пути их исправления и предотвращения в будущем. Он составляет подробный приказ-наставление об обеспечении сохранности складов, железнодорожных мостов, водокачек, электрических станций и всех других сооружений, «имеющих важное значение в деле военной обороны».
Приказ Менжинского подробен и предусматривает многое: проверку составов караулов, несущих охрану оборонных объектов, удаление из них кулацких и белогвардейских элементов; удаление подозрительных элементов с военных складов и заводов; принятие энергичных мер к усилению караулов; дневные и ночные проверки их службы; «пресечение в корне разгильдяйства и кумовства»; усиление мер противопожарной безопасности на складах и заводах взрывчатых веществ, запрещение топки железных печей и разведения костров ближе установленной уставом караульной службы полосы; упорядочение системы пропусков и допуска лиц на склады и военные заводы. Караулам вменялось в обязанность задерживать лиц, которые подозрительно ведут себя на полосе, прилегающей к объектам, наводят справки о складах и заводах, количестве охраны, числе караулов.
Приказ не только требовал, он одновременно учил чекистов, особенно молодых, не обладающих должным опытом, как конкретно нужно оберегать государственные интересы.
Этот приказ был введен в действие по телеграфу. Принимались, однако, и другие меры. В частности, сотрудников Главного артиллерийского и Главного военно-инженерного управлений, уличенных в преступной халатности, привлекли к судебной ответственности.
29 мая 1920 года ВЦИК и Совет Труда и Обороны «ввиду усиливающейся работы агентов польской шляхты в тылу Красной Армии, в центре страны, ввиду ряда поджогов, взрывов, а также всех видов саботажа» постановили «придать военному положению самый решительный и непреклонный характер».
Этим же постановлением ВЧК и ее органам предоставлялись права военных трибуналов в отношении всех преступлений, направленных против военной безопасности республики. Энергичные, революционные меры, принятые Советским правительством и по его поручению — органами ВЧК в самом начале советско-польской войны, привели к тому, что ни белополяки, ни русские контрреволюционеры во время этой войны не смогли существенно ослабить тыл Красной Армии.
Дзержинский, поглощенный работой на Украине, борьбой против белопольских и врангелевских агентов, националистов, тем не менее продолжает направлять деятельность коллегии ВЧК, пишет членам президиума письма, телеграммы, советует, наставляет, как лучше организовать работу, обеспечить успех в борьбе с подрывной деятельностью вражеской агентуры.
27 июня 1920 года одновременно с письмом в коллегию ВЧК, в котором излагались меры усиления транспортных чекистских органов, Дзержинский направил письмо Менжинскому: «Хочу Вас просить еще об одном — надо поднять ТО [Транспортный отдел] ВЧК на должную высоту. Не жалеть ему людей ответственных и материальных средств. Вопросы победы на фронтах и с продовольственной разрухой — это вопрос победы в транспорте…»
Менжинский и коллегия ВЧК принимают меры к укреплению транспортных органов ВЧК.
Наступление Красной Армии на Украине и в Белоруссии продолжалось. Были освобождены Киев, Минск, Вильно. Победы Красной Армии способствовали революционному подъему в Польше. В конце июля в Белостоке, освобожденном Красной Армией, был создан Польский революционный комитет во главе с Юлианом Мархлевским. В состав Польского ревкома вошел и Дзержинский. Направляясь из Харькова на Западный фронт, Дзержинский на несколько дней задержался в Москве и подготовил предложения в ЦК об изменении порядка работы ВЧК. ЦК партии согласился с предложениями Дзержинского. Сообщая об этом в письме на имя заместителя председателя ВЧК Ксенофонтова, Дзержинский писал, что президиум ВЧК упраздняется, что ЦК утверждена коллегия ВЧК в составе 12 человек. В состав коллегии вошли Ф. Э. Дзержинский, И. К. Ксенофонтов, Я. X. Петерс, В. А. Аванесов, М. С. Кедров, М. Я. Лацис, В. Р. Менжинский и другие. Далее в письме Дзержинский изложил свои предложения по работе коллегии, подчеркнув, что проекты постановлений, которые должны проводиться через законодательные органы, коллегией должны рассматриваться «в присутствии т.т. Аванесова и Менжинского».