Особую заботу Дзержинский проявлял о том, чтобы все направление работы ВЧК соответствовало партийным директивам, чтобы не нарушалась тесная связь коллегии ВЧК с Центральным Комитетом. Еще в мае 1919 года Дзержинский на заседании Оргбюро ЦК внес предложение о том, чтобы представитель Особого отдела ВЧК еженедельно делал доклады в ЦК. Это предложение тогда было принято и аккуратно Дзержинским проводилось в жизнь. Заботясь о том, чтобы это решение выполнялось и впредь, Дзержинский в своем письме предлагал выделить Менжинского в качестве постоянного представителя ВЧК для связи с ЦК.
«Для связи с ЦК по политическим вопросам предлагаю Вам назначить т. Менжинского как постоянного представителя ВЧК, не лишая, конечно, права членов коллегии ВЧК непосредственно обращаться и сноситься с ЦК по частным вопросам, — конечно, с Вашего ведома. Тов. Менжинскому предлагаю тоже поручить делать в ЦК систематические доклады о важнейших делах, имеющих политическое, экономическое и партийное значение, — это делать необходимо».
Об огромном доверии Дзержинскою к Менжинскому свидетельствует и тот факт, что на телеграммах по особо важным вопросам с Западного фронта Дзержинский пишет: «Менжинскому для Ленина…»
20 июля 1920 года перед отъездом Дзержинского в Белосток в ЦК РКП (б) и правительстве было принято решение о назначении Менжинского председателем Особого отдела ВЧК. Это назначение было оформлено приказом Реввоенсовета республики и ВЧК № 1348. А в начале октября 1920 года Менжинский выехал на Украину для руководства борьбой с националистическим подпольем. В задачу его входили и маскировка готовящегося удара по врангелевским войскам и организация разведывательной работы в тылу Врангеля. Еще раньше сюда на Украину по его предложению был направлен на работу один из старейших и талантливейших чекистов, Ян Петерс.
Здесь, в Особом отделе Южного фронта, Менжинского застало известие о подписании перемирия с Польшей. Война с белополяками закончилась победой Советской страны.
В конце октября советские войска перешли в наступление на юге. Врангель был разбит. Красная Армия освободила от белогвардейцев Крым.
Интервенция и гражданская война в России окончились. Основные силы интервентов и белогвардейцев были разгромлены и изгнаны с советской земли.
За революционные заслуги в борьбе с внутренней и внешней контрреволюцией, за огромную работу по укреплению рядов Красной Армии Революционный военный совет республики после окончания гражданской войны своим приказом № 2835 наградил Особый отдел орденом Красного Знамени.
После окончания гражданской войны встала практическая задача организации охраны государственных границ Советской республики. Еще 28 мая 1918 года Совет Народных Комиссаров издал Декрет об учреждении пограничной охраны, подчиненной Народному комиссариату финансов. На пограничную охрану возлагалась защита «пограничных интересов Российской Социалистической Федеративной Советской Республики, а в пределах пограничной полосы — защита личности и имущества граждан…»
Декрет определил конкретные задачи пограничной охраны, установил семиверстную пограничную полосу на суше и двенадцатимильную морскую таможенную полосу, в которой все иностранные суда подлежали надзору со стороны пограничной охраны.
Еще летом 1918 года началось формирование советской пограничной охраны. По указанию Свердлова Московский, Петроградский и губернские Советы направили на службу в пограничную охрану передовых рабочих, солдат, коммунистов. В июле — августе при контрольно-пропускных пунктах на границе были созданы пограничные чрезвычайные комиссии, их главной задачей стала борьба с политической контрабандой и шпионажем на границе и контрреволюцией в пограничной полосе.
В связи с начавшейся иностранной военной интервенцией и гражданской войной войсковая пограничная охрана была передана в ведение Народного комиссариата по военным и морским делам. Пограничная охрана была преобразована в пограничные войска. Части погранохраны были переформированы в стрелковые полки и сведены в пограничные дивизии. Эти дивизии и полки принимали участие в боях с интервентами и белогвардейцами.
Весной 1920 года Совет Рабоче-Крестьянской обороны рассмотрел вопрос об экстренных мерах для усиления охраны границ республики. Задача борьбы с контрабандой возлагалась на таможенное управление Наркомвнешторга, а борьба со шпионажем — на Особый отдел.