Враждебное царскому правительству направление газеты «Северный край», активная социал-демократическая работа ее сотрудников не могли остаться без последствий. Ярый реакционер, будущий обер-прокурор синода и друг Распутина, генерал Рогович искал повод, чтобы избавиться от «Северного края» и от обосновавшихся в его редакции социал-демократов.
В качестве такого повода Рогович использовал перепечатку «Северным краем» в номере от 2 июня 1904 года корреспонденции из «Санкт-Петербургских ведомостей». Менжинский снабдил ее своим заголовком: «Оценка достоинств русской и японской армий», и поместил на месте передовой статьи.
Через день, 4 июня 1904 года, Рогович отправил в Петербург секретное донесение, в котором писал:
«Выхватить случайную заметку и поместить ее на первом месте в виде передовой статьи под тенденциозным заглавием является… поступком весьма предосудительным… С самого начала военных действий газета на своих столбцах отводит место восторженным отзывам иностранной печати о Японии, ее культуре, флоте, армии и замалчивает все проявления горячей любви русского народа к своей Родине…»
Далее Рогович просил прекратить издание газеты хотя бы на срок до двух месяцев.
Донесение попало к министру внутренних дел и шефу корпуса жандармов известному реакционеру В. К. Плеве, и тот уже 7 июня распорядился: приостановить издание газеты на восемь месяцев. Восемь месяцев — это максимальный срок, на какой министр внутренних дел согласно статье 154 Устава о цепзуре и печати имел право прекратить неугодное правительству издание.
Репрессия, обрушившаяся на газету, могла осложнить революционную работу социал-демократов, но не могла ее остановить. Движение шло вглубь и вширь. После закрытия газеты ярославские социал-демократы сосредоточили свои главные усилия на нелегальных формах работы.
Северный комитет и его Ярославская группа устанавливают связи с Северным бюро ЦК РСДРП, образовавшимся в начале 1904 года в Москве под руководством Н. Э. Баумана. Чтобы наладить личные контакты с руководителями бюро ЦК, Менжинский в июне 1904 года, после закрытия «Северного края», выезжает в Москву. Легальной версией цели поездки была ликвидация дел московского отделения газеты. В Москве Менжинский встретился со Стасовой, Ленгником и другими членами Северного бюро ЦК и в середине июня, за несколько дней до ареста членов бюро, возвратился в Ярославль. Связь Менжинского с членами ЦК благодаря искусной конспирации осталась не замеченной охранкой.
В 1903–1904 годах Северный комитет и его местные организации активно боролись против меньшевиков, за ленинские организационные и тактические принципы, за созыв III съезда РСДРП. Еще в конце 1903 года, как только стало известно о письме Ленина членам ЦК с предложением немедленно созвать III съезд партии, Северный комитет принял резолюцию, осуждающую фракционную деятельность меньшевиков. После возвращения Менжинского из Москвы Северный комитет дважды — в августе и сентябре 1904 года — выражает недоверие меньшевистскому ЦК и заявляет о необходимости скорейшего созыва съезда партии.
Именно в это время создаются социал-демократические группы в Вологде, Архангельске и других пунктах. Агитационно-пропагандистская работа ведется не только среди рабочих, по и среди солдат. В различных городах, на станциях и в воинских эшелонах распространяются листовки ЦК и Северного комитета РСДРП: «К призывным нижним чипам», «В борьбе за права народные», «Ко всем запасным рядовым», «В казарме», «К солдатам и запасным».
Воззвание «К солдатам и запасным» звало солдат и рабочих к вооруженному восстанию против царизма.
«Вы заранее сами должны овладеть оружием, — говорилось в листовке, — обезоружить и распустить несогласных с вами товарищей. Помните, что силы царя и правительства в вас самих. Только вашими штыками и пушками держится оно против натиска рабочих. РСДРП призывает вас стать под знамена на борьбу за право свободных граждан и господство рабочего класса. Выбирайте, не смущайтесь же… и обратите ваше оружие против своих угнетателей».
В сентябре 1904 года Менжинский выехал из Ярославля в Петербург. Здесь он познакомился с написанным Лениным обращением 22 большевиков «К партии». Окрыленный ясностью ленинской линии, его революционным оптимизмом, Менжинский 20 октября возвращается в Ярославль. Члены Северного комитета обращение Ленина встретили с ликованием, и уже 30 октября состоялось заседание Северного комитета, который в специальном решении одобрил ленинское обращение.
Представители Северного комитета РСДРП активно поддерживают ленинскую позицию на Северной конференции комитетов большинства, которая проходила в декабре 1904 года в Колпине, под Петербургом. На этой конференции было оформлено Бюро комитетов большинства (БКБ) под руководством Ленина. Северная конференция приняла решение о необходимости созыва III съезда партии и избрала представителей в Бюро комитетов большинства.