Весной 1906 года вновь разгорелась стачечная борьба, рабочих в городах, усилилось крестьянское движение в деревне и под его влиянием брожение в армии. Партия в это время направляет Менжинского на работу в военно-боевую организацию (иначе называемую просто «Военной») Петербургского комитета. Его вводят в состав Военного комитета и редакции газеты «Казарма».
Петербургская военная социал-демократическая организация возникла в конце 1905 года и окончательно оформилась в начале 1906 года. Во главе «Военки» стоял общегородской комитет, который посылал двух представителей в Петербургский комитет РСДРП. Весной 1906 года в состав комитета военной организации входили Ф. В. Гусаров, В. Р. Менжинский, Н. Ф. Насимович (Н. Чужак), М. И. Фрумкин, А. П. Малоземов, В. А. Зеленко, A. Л. Харик. Секретарем была П. И. Кулябко («Мышь»), а после нее, летом 1906 года, Екатерина Хлебникова.
Общегородская военная организация объединяла четыре районных (городских) и пятую окружную, в которую входили организации войсковых частей, расположенных в пригородах столицы. Районную «Военку» возглавлял ответственный секретарь. В войсковых частях создавались нелегальные кружки (ячейки), имевшие своих агитаторов и пропагандистов.
Сложившаяся организационная структура была закреплена в уставе, принятом конференцией военных организаций Петербурга в июне 1906 года.
После конференции работа Петербургской военной организации достигла особенно широкого размаха. Комитет имел связи более чем с сорока воинскими частями. Не было ни одного крупного выступления воинских частей, в которых не принимала бы участия военная организация. Она издала сотни тысяч экземпляров различных листков и прокламаций.
Автором некоторых листовок, изданных военной организацией, был Менжинский. Видимо, судя по стилю, его перу принадлежит листовка «Гвардия ненадежная», изданная не ранее 16 июня 1906 года:
«Зашаталась последняя опора царизма. Всероссийский преображенец потерял несколько сот телохранителей-пре-ображенцев — их захватила всероссийская революция.
Армия маленького венценосного полковника стала меньше на батальон: настолько же выросла армия Великой революции.
По «высочайшему» приказу 1 батальон л-гв. Преображенского полка переименован в особый пехотный батальон, он в опале, он наказан, у него нет знамени, ему не дано в шефы ни государя, ни государыни-вдовы, ни государыни-жены, ни короля датского, ни королевы греческой… он не носит имени никакого царя, императора, герцога, эрцгерцога.
Почетное наказание!
Революция будет его шефом, революция даст ему имя и Красное Знамя…»
Листовка появилась в связи с волнениями в Преображенском полку, которые происходили с 6 по 12 июня 1906 года. Поводом к волнениям послужил приказ командования гвардией о переводе полка в Петергоф для охраны резиденции царя, 6 и 7 июня в полку происходили сходки солдат, а вечером 9 июня, уже в Петергофе, состоялся митинг 1-го и 3-го батальонов, на котором обсуждались требования солдат. В полку были произведены аресты активных участников выступления. Царь Николай II, числившийся, как и все цари, начиная с Петра I, полковником Преображенского полка, подписал приказ о лишении 1-го батальона прав гвардии, переименовании его в особый пехотный батальон и расквартировании в селе Медведь Новгородской губернии. Волнения в гвардии настолько напугали царя, что он сместил командира полка Гадона, командира 1-й гвардейской дивизии Озерова и командира гвардейского корпуса князя Васильчикова.
В июне 1906 года забастовали рабочие Нового Адмиралтейства. На завод пригнали солдат, но они отказались выступить против рабочих. На вопрос командира порта, почему ничего не предпринимается против бастующих, солдаты отвечали: «Это не наше дело». Через несколько дней эти же солдаты отказались выполнить приказ офицера — взять в штыки митинговавших рабочих. Солдаты кричали, что стрелять в братьев не будут. На усмирение забастовщиков начальство послало новое подразделение, но и оно отказалось принять участие в подавлении забастовки. Командир роты, обращаясь к строю солдат, сказал: «Я надеюсь, что вы, братцы, беспрекословно исполните приказ начальства, если оно велит стрелять».
Солдаты дружно ответили: «Никак нет». Ротный командир потребовал, чтобы желающие выполнять приказ сделали шаг вперед. Из строя вышел лишь один солдат, а вся рота осталась на месте.
Подобные же настроения бытовали среди солдат и других частей петербургского гарнизона, особенно технических: саперных, понтонных, среди пограничной стражи.
15 февраля 1906 года вышел первый номер газеты «Казарма» — органа Петербургской военной организации РСДРП. В состав редакции тогда входили и большевики и меньшевики, и это наложило свой отпечаток на содержание газеты. В первом ее номере высказывалось неправильное положение о том, что мир воцарится в России только тогда, когда вся армия и гвардия перейдут к народу.
Ленин подверг критике это меньшевистское положение и принял меры к тому, чтобы сделать газету подлинно большевистской.