Впрочем, есть предположение, что новгородцы побывали там ещё в 1032 году. Нельзя установить, верно это или нет. Но можно сказать с уверенностью, что в течение XIV—XVI веков число предприимчивых русских людей, посещавших северное Зауралье, возросло настолько, что появились уже основанные мореплавателями-купцами городки. Княжеский и царский дворы в Москве умели ценить драгоценные меха, идущие с Севера; интересовались ими и иностранные купцы. Но московское правительство долгое время удовлетворялось тем, что получало меха из Архангельска и Вологды, мало что зная о крае, лежащем между Обью и Енисеем.
Так было до конца XVI века.
В 1598 году царь Фёдор Иоаннович отправил в низовья Оби и Енисея Фёдора Дьякова «с товарищами» для «проведывания» этих стран и для обложения тамошних жителей ясаком. К этому же времени относятся первые надёжные сведения о Мангазее: неизвестно только, называлась ли так вся местность или какой-либо из городков. Возвратившись, Дьяков сообщил, что торговые люди русских городов ещё до царского повеления наложили руку на Мангазейскую и Енисейскую «самоядь» и ясак собирают давно, но в свою пользу, а говорят, что берут для государя. Возмущённая этим Москва направила туда в 1600 году экспедицию из Тобольска на кочах и коломенках во главе с князем Мироном Шуховским и войском в двести человек, снабдив отряд достаточным боевым и продовольственным припасом. В Обской губе суда разбило штормом, и экспедиция, высадившись на берег, вынуждена была зимовать. Прикочевавшие зимой к их стоянке «самоеды» (то есть ненцы) с оленями предложили перевезти груз ближе к реке Тазу; войско шло на лыжах. В пути на русский отряд напали, по-видимому, какие-то другие ненецкие роды и разгромили его. Где случилось это — неизвестно; некоторые историки предполагают, что разгром был учинён по наущению русских торговых людей, не желавших попасть под контроль московских приказов. Предполагают также, что остатки экспедиции всё же добрались до места, на реку Таз.
В 1601 году новая экспедиция из Тобольска и Берёзова — триста человек с пищалями, запасами пороха, ядер и свинца — вышла водой на реку Таз. «Путь туда был труден и прискорбен и зело страшен от ветров». В двухстах километрах от устья был заложен город; название «Мангазея» стали относить к нему.
В 1625 году Мангазея была уже обнесена стеной в полторы сажени высотой, с пятью башнями высотой от трёх до четырёх саженей. На башнях были установлены пищали с запасом ядер. Внутри города находились две церкви, воеводский двор, съезжая изба, гостиный двор, торговые бани, амбары, лавки, тюрьма и хаты местного населения и гарнизона. В Мангазее ежегодно устраивалась ярмарка, после которой торговые и промышленные люди возвращались на Русь.
Основание на Дальнем Севере русского города имело целью не только подчинить центральной власти купцов, воспрепятствовать беспошлинной торговле, но и предотвратить возможность захвата торговли пушниной на Севере англичанами и голландцами. Город этот должен был также стать опорой дальнейшего освоения северо-востока. От Мангазеи русские казаки в 1610 году дошли до устья Енисея, проникли на реку Пясино и в 1632 году на Лене основали Якутский острог — нынешний город Якутск.
Но через сорок пять лет существование города Мангазеи прекратилось. С 1641 до 1644 года в Мангазею не пришло ни одной кочи с хлебом, все они были разбиты бурями в Обской губе, и в городе «настал великий голод». К довершению несчастья, в 1643 году он почти весь сгорел. Оставшиеся жители и мангазейский воевода переселились в Новую Мангазею или Туруханск (нынешний город Туруханск стоит в другом месте, в устье Нижней Тунгуски, где когда-то мангазейцы построили село Монастырское). Причина быстрого падения Мангазеи лежит в неудачном положении города относительно установившихся внутренних транспортных путей и в истощении пушных богатств края.
Так закончил своё существование самый древний город России за Полярным кругом.
Название города историки объясняют по-разному. Некоторые считают, что оно происходит от слова «магазин», то есть склад для пушнины и для русских привозных товаров, которыми торговали с племенами, живущими по рекам Пур и Таз. Другие утверждают, что по этим рекам и Енисею кочевало несколько родов «самояди», называемых Макасе — или, в русском произношении, Мангазея. Однако документы подтверждают, что, кроме родов Макасе, в ясачных книгах Мангазейского уезда встречается слово Мангазея, как наименование рода, к которому в 1629 году было причислено пятьдесят ясачных людей.