Распространение христианства в разной этнической и социальной среде, влияние нехристианских верований и философских систем, знакомство с которыми шло через новообращенных, неизбежно усиливали расхождения между отдельными группами христиан и их писаниями. К прежним расхождениям в устной традиции добавились расхождения между устной и писаной традицией и между различными писаниями. Как некогда первые христианские проповедники в Палестине полемизировали с кумранитами, так теперь в сочинениях христиан появляется полемика, направленная против единоверцев. Характерно в этом отношении одно из первых речений в коптском Евангелии от Фомы: "Иисус сказал: "Если те, которые ведут вас, говорят вам: смотрите, царствие в небе! – тогда птицы небесные опередят вас. Если они говорят вам, что оно – в море, тогда рыбы опередят вас. Но царствие внутри вас и вне вас"" (Евангелие от Фомы, стих 2). Это речение одновременно полемизирует с идеей установления материального Царства Божия на земле и со складывающимся учением о "царстве небесном" (выражение это появляется уже у Матфея, заменяя в отдельных речениях словосочетание "Царство Божие") ". В Евангелии от Филиппа содержится полемика с защитниками учения о непорочном зачатии (Евангелие от Филиппа, стих 17).
Постепенно выявляются наиболее почитаемые среди отдельных групп общин сочинения: прежде всего это относится к евангелиям. Из канонических евангелий на рубеже I – II вв. таковыми были евангелия от Марка и от Матфея (в греческой и арамейской версиях), а также Евангелие от Луки. Евангелие от Иоанна признавалось далеко не всеми группами, есть свидетельства, что оно было известно гностикам. Юстин использовал Евангелие от Петра, Папий ссылался на Евангелие евреев, которое, как и евангелие эбионитов, почиталось иудео-христианами Палестины и Сирии. Египетские христиане особо почитали Евангелие от Фомы и Евангелие от Филиппа, первоначально написанные по-гречески и позже переведенные на коптский.
Множество вариантов "благой вести", постоянные споры между проповедниками поставили перед христианами задачу отбора из всей литературы тех книг, которые почитались бы основными источниками христианского вероучения. Так ортодоксальное христианство сделало свой выбор в пользу четырех Евангелий – от Матфея, Марка, Луки и Иоанна. Остальные Евангелия были причислены к апокрифам – текстам, которые по мнению ортодоксального христианства либо нельзя доверять, либо можно, но не всем. Сам термин «апокриф» в переводе на русский означает «тайный», «сокровенный», «сакральный». В отличие от ортодоксального христианства в гнозисе принято доверять не только текстам каноническим, но и многим апокрифическим. Причем в гнозисе принято доверять далеко не всем каноническим книгам. К примеру, послания Павла в гнозисе не являются авторитетными, несмотря на то, что Павел имел посвящение в гнозис.
Процесс отбора христианских книг, которые должны образовать "новый" (по сравнению с Ветхим) завет, был процессом сложным не только потому, что отдельные группы общин почитали разные писания, но и потому, что наряду с резко расходившимися по вероучению текстами были писания, восходившие к обшей традиции, но отличавшиеся передачей отдельных эпизодов и интерпретацией отдельных речений Иисуса. Кроме того, когда сложились основные Евангелия, ставшие хорошо известными верующим, и их переработка (или, вернее, редактирование при переписке) могла сводиться только к изменениям отдельных деталей, стали создаваться самостоятельные произведения, как бы дополняющие древнюю традицию: описания детства Иисуса, жизнеописание его матери, описания деяний отдельных апостолов, упомянутых в евангелиях,– Петра, Павла, Филиппа, Андрея и др. Последние были особенно многочисленны в связи с тем, что во II в. наиболее значительные христианские общины начинают связывать свое происхождение с деятельностью непосредственных учеников Иисуса: община Рима якобы ведет свою родословную от Петра, община Эфеса – от Иоанна. Отношение к подобным произведениям было различным. Некоторые христианские теологи и апологеты христианства
рубежа II – III вв., принимавшие в качестве основных источников вероучения четыре канонических евангелия, ссылались как на авторитет и на другие священные книги. Так, Ориген использовал Евангелие от Петра и "Книгу Иакова", содержащую историю детства и замужества Марии, цитировал Евангелие евреев и "Деяния Павла", только с оговоркой, что их нельзя ставить в ряд с четырьмя евангелиями. Встречаются цитаты из неканонических произведений и у Климента Александрийского. В то же время продолжали вызывать сомнения у ряда богословов те произведения, которые вошли впоследствии в Новый завет, прежде всего Апокалипсис Иоанна и анонимное Послание к Евреям, которое сам автор назвал "словом утешения" (или "увешевания".– 13.22). Тертуллиан не упоминал среди священных книг Второе послание Иоанна; Ириней – Послание Иуды.