При этом, конечно, надо четко разделять церковь как религиозную иерархическую организацию и самих верующих. Если церковная иерархия была с тиранией Батисты, то рядовые верующие боролись против нее. Они составляли большинство бойцов Повстанческой армии и городского сопротивления. Они составляли большинство сельского населения, наиболее активно поддерживавшего революцию. Находились и священники, которым были близки чаяния обездоленных. Вместе с партизанами в горах многие месяцы находился падре Сардиньяс, сочувствовавший делу освобождения. «Он пришел не как солдат, а в качестве священника, — вспоминал Ф. Кастро. — Он жил среди бойцов, вместе с нами, у него было все, что требовалось для совершения обрядов… он был славный человек, все его очень любили, очень заботились о нем. Этому священнику даже было присвоено высшее в Повстанческой армии воинское звание команданте.
В результате свержения тирании на Кубе начался процесс переоценки идеологических и культурных ценностей. Многие из запрещенных еще при прежнем режиме африканских религиозных культов получили равный с другими церквями статус. Было гарантировано право на свободное отправление религиозных культов и одновременно право на ведение атеистической пропаганды. Церковь на практике была отделена от государства.
Революция была враждебно встречена клерикальными кругами. Иерархи католической церкви солидаризировались с низвергнутыми эксплуататорскими классами. Характерно, что конфликт между церковью и государством возник именно тогда, когда оно начало осуществлять глубокие социальные преобразования.
Как заметил по этому поводу Ф. Кастро, «произошел конфликт революции не с религиозными идеями, а с общественным классом, который пытался использовать религию в качестве орудия, направленного против революции».
Но в середине 60-х годов католическая церковь на Кубе прекратила политическую борьбу против государства. Этому способствовали изменения в концептуальных подходах католической церкви, которая после Второго Ватиканского собора (1962–1965 гг.) начала все больше поворачиваться лицом к социальным проблемам трудящихся стран «третьего мира», где живет большинство католиков.