Субъективность в узком смысле имеет место также и в процессе функционирования научного метода. Интериоризованное, перенесенное внутрь сознания ученого методологическое знание, операции, приемы метода образуют основу для формирования индивидуального навыка к исследованию, субъективного «искусства», которое только и приводит метод в рабочее, функционирующее состояние, включает его в процесс практического осуществления научного познания. Именно в искусстве, индивидуальном умении ученого, в его способности творчески освоить объект и заключается субъективная сторона метода.
Чтобы обладать умением, искусством исследования, мало располагать предметным знанием и знанием правил, норм исследования, необходимо иметь практический опыт, навык их применения в ходе познавательной деятельности, необходимо иметь то, что М. Полани назвал личностным знанием. Иными словами, в практическом умении проводить научное исследование соединяются, сливаются знания, навыки и действия, ставшие достоянием внутреннего психического мира субъекта деятельности. Как невозможно умение без знания и навыков, так невозможен метод лишь в качестве знания без умения, без определенного опыта его практического использования. Субъективность проявляется не только в затруднениях, ошибках, но и в индивидуальном, отклоняющемся от стандарта употреблении метода, что обусловлено рядом обстоятельств: сложной природой объекта или самого метода, личным пристрастием ученого, влиянием коллег и т.д. Например, достаточно отработанный в социологии метод анкетного опроса, базирующийся на критериях надежности, точности способа обработки данных, репрезентативности исследования, заключает в себе множество вариантов, возможностей его индивидуального использования. Как подчеркивает В.А. Ядов, эта сторона метода анкетирования складывается из сочетания, столкновения сложности, динамичности объекта исследования (мотивов, побуждений, склонностей, мнений людей), лексики опроса, статуса опрашиваемого, конструкции вопросов, их семантики, намерений исследователя и т.д.
Субъективность метода, однако, не может быть абсолютной; и умение, и навыки, и другие составляющие субъективной стороны метода нуждаются в объективном основании. Прежде всего, субъективное умение, искусство ученого базируется, имеет основание в закономерностях познавательного процесса, в практике его осуществления и в объективных законах реальности. Это означает, что метод обладает двойственной природой, содержит в себе как субъективную, так и объективную стороны. Метод, являясь принадлежностью субъекта, должен одновременно быть адекватным объекту, т.е. его познавательные действия, операции должны быть приспособлены к исследованию определенного объекта, так или иначе учитывать его специфику. Причем такого рода приспособленность к объекту, специализация методологического знания и операций метода может достигать большой степени не только в рамках одной и той же научной дисциплины, но даже в исследованиях одного и того же, но достаточно сложного объекта.
Связь метода и объекта хорошо просматривается, однако она носит опосредованный характер. Как уже говорилось, неверно определить метод как непосредственное отражение объекта. Опосредующим звеном, соединяющим метод и объективную действительность, выступает предметное, содержательное знание, теория объекта. Именно тесная связь метода с предметным знанием является основной гарантией его эффективности, служит объективным основанием его функционирования в процессе исследования. Метод не может быть непосредственным отражением объекта еще и потому, что в своем составе содержит систему норм, правил деятельности, которые обращены не к объекту, а к ученому, субъекту деятельности. Нормативное знание в методе содержит определенные требования к выполнению познавательной деятельности, что является необходимым условием ее регуляции; ученый должен эти требования выполнять, ими руководствоваться.
Разумеется, предметное и методологическое знание взаимосвязаны, образуют единую в рамках метода систему, поскольку нормы и правила метода должны соответствовать объекту или предметному знанию, отражающему объект. Такое переплетение, взаимные связи нормативного и предметного знания легко обнаруживаются в методах тех наук, где развиты эмпирические исследования. Столь же тесно взаимосвязано содержательное, предметное и нормативное знание и в теоретических методах исследования, где исследователь имеет дело не с самим материальным объектом, а «работает» с понятиями, идеями, моделями, математическими формализмами, представляющими предмет, оперирует ими мысленно, исходя из вложенного в них содержания.