В то же время совпадение в определенных аспектах теории и метода не исключает их различия. При этом различия касаются не только выполняемых ими в познании функций, но и их структуры, а также содержания знания. Содержание теории составляет знание, отражающее объект, явления действительности, методологическое же знание есть отражение не объекта, а процесса научного познания, его закономерностей, а также особенностей практического осуществления. Как было показано, такого рода знание обладает достаточно сложной структурой.
В методе содержатся философские, гносеологические представления о природе научного познания, его закономерностях, образующие теоретический уровень научной рефлексии, а также методологическое знание, представляющее собой непосредственное обобщение исследовательской практики в науке, т.е. знание низшего уровня обобщения. Кроме того, знание, отражающее особенности процесса познания, дополняется собственно нормативным знанием в виде предписаний, правил исследования. Иными словами, научный метод имеет в своем составе прескриптивные высказывания, т.е. знание, принципиально отличающееся от знания предметного, теоретического. Принципиальное отличие нормативного знания от знания предметного, теоретического заключается в их разной направленности. Теория направлена на объект, представляет собой его отражение. Напротив, нормативное знание метода не несет в себе прямой информации об объекте и обращено, прежде всего, к субъекту научной деятельности и заключает в себе не описание чего-либо (будь то объект реальной действительности или процесс познания), а приказ, императив, которому должен подчиняться ученый в ходе исследования.
В отношении норм научного метода допустима аналогия, сравнение с логическими формами мышления. Логические формы возникают как результат многократного, повторения в ходе мыслительной и практической деятельности определенных действий, и поэтому они непосредственно связаны с деятельностью, являются ее обобщением и отражением. Действительность же, объективные связи и отношения вещей отражаются в логических формах опосредованно, через практику, деятельность. Аналогично нормы, правила метода формируются, прежде всего, как отражение и обобщение практики научной познавательной деятельности, в них фиксируется познавательный опыт человека. Такое отражение может быть эмпирическим в случае, когда нормы метода складываются стихийно, непосредственно в ходе познавательной деятельности. Но оно может быть также теоретическим, если предписания метода конструируются на основе философской, методологической рефлексии относительно процесса научного познания. Важно подчеркнуть, что оба способа формирования методологического знания связаны с реальным процессом научного познания, с его осмыслением, вытекают из практики его осуществления. Вообще говоря, любые нормы, не только нормы метода, являются закреплением деятельности, так сказать, манифестацией ее упорядочивающей, организующей стороны. Нормативное знание только опосредованно связано с фактуальным, содержащим информацию (истинную или ложную) об объекте, поэтому характеристика норм с точки зрения оппозиции «истина-ложь», применимая к объекту и его свойствам, особенностям, должна быть заме иена дихотомией «правильно-неправильно», имеющей силу непосредственно в рамках деятельности.
С этой точки зрения попытка проследить переход от фактуального, предметного знания к нормативному без учета практики осуществлении деятельности как опосредующего звена вызывает возражения. Другое дело, что методологическое знание, включая нормы, предписания, нельзя отрывать от предметного знания, поскольку знание предписывающее, прескриптивное, в конечном счете, основывается на знании дескриптивном. Кроме того, специфичность методологического знания проявляется н тесной связи и взаимной обусловленности норм и оценок, должного и ценностного. Эта связь, как подчеркивает А.А. Ивин, самым наглядным образом обнаруживается в том, что сами нормы представляют собой частный случай ценностного отношения, частный случай оценок. Нормы метода, будучи важным элементом системы методологического знания, служат основанием для оценки той или иной познавательной операции, действия или результата.
Одновременно сама норма может оцениваться с позиций общефилософских, общегносеологических и методологических представлений, концепций научного познания. Переплетение ценностного и должного, когнитивного и деятельностно-практического, субъективного и объективного в методе, его нормах делает возможным связь метода с социокультурными условиями научной деятельности. Тем самым научный метод получает основания для своего функционирования не только в познавательной, но и социальной, культурной сферах.