Основное содержание онтологической картины концепции Н.А. Бернштейна зафиксировано в самом ее названии — «физиология активности». Если действующие лица, на первый взгляд, остались здесь прежними (Н.А. Бернштейн так же, как и И.П. Павлов, рассматривает схему «организм-среда»), то содержание ролей радикально изменилось: понятию организма и его основному отношению к среде даются совершенно новые интерпретации.
В то время как традиционная физиология, занимаясь поведением, ограничивалась, по существу, рассмотрением отдельных приспособительных актов, в теории Н.А. Бернштейна горизонт физиологического умозрения расширяется до анализа жизни особи. Для этого потребовалось в первую очередь пересмотреть сложившееся понятие организма, трактовавшее его как реактивно-уравновешивающуюся систему.
В концепции Н.А. Бернштейна организм рассматривается как организация, характеризующаяся двумя главными свойствами. Во-первых, это организация, сохраняющая свою системную тождественность сама с собой, несмотря на непрерывный поток как энергии, так и вещества, субстрата, проходящих через нее. Несмотря на то, что ни один индивидуальный атом в организме не задерживается в составе его клеток, организм остается сегодня тем же, чем был вчера, и его жизнедеятельность обусловливается всей его предшествующей жизнью.
Во-вторых, — развивает биологическую диалектику Н.А. Бернштейн, — организм на всех ступенях и этапах своего существования непрерывно и направленно изменяется. Эта направленность онтогенетической эволюции неоспоримо доказывается хотя бы тем, что тысяча представителей одного животного или растительного вида развивается в особей, одинаковых по своим основным или определяющим признакам, несмотря на иногда весьма резкую неодинаковость внешних условий жизни у разных индивидов. Что касается эмбриогенеза, то, начиная уже со стадии оплодотворенного яйца, организм обладает закодированной моделью будущего своего развития, оформления и закодированной же программой последовательных ступеней этого развития.
Самое же важное, по мнению Бернштейна, состоит даже не в этой «запрограммированности», а в том динамическом начале (в конце концов, вероятно тоже как-то закодированном и обладающим своим вещественным субстратом-носителем в клетке), которое создает у особи активное антиэнтропийное, преодолевающее стремление к реализации этой кодированной модели
Какие следствия влечет за собой это изменение понятия организма для онтологической картины концепции? Ясно, что отмеченная выше тождественность результатов морфогенетического развития на фоне изменчивых условий говорит о том, что организм активно преодолевает возможные и неизбежные внешние препятствия на пути программы своего морфогенеза. Экспериментальные факты повреждений и частичных ампутаций (например, конечностей) в эмбриогенезе, ампутаций, не мешающих этим органам развиваться в полноценную конечность; факты анатомических, а еще более функциональных регенераций; клинический материал — все эти данные говорят о том, что организм активно борется за свое выживание, развитие и размножение. Процесс жизни — это не уравновешивание с окружающей средой, как считал И.П. Павлов. Такое уравновешивание обрекло бы каждую особь на полную зависимость от среды и ее изменений, в результате чего о программном морфогенезе с удержанием стойких признаков вида нельзя было бы и думать. Процесс жизни — это преодоление среды, направленное при этом не на сохранение статуса или гомеостаза, а на движение в направлении родовой программы развития и самообеспечения
Такому общему взгляду на жизнь особи, на отношение «организм — среда», важнейшее в онтологии биологических дисциплин, полностью соответствует произошедшая в концепции Н.А. Бернштейна смена представлений об отдельном акте поведения, рассмотренная выше. Он существенно определяется средой, но никогда полностью не детерминирован ею. Активность — эта важнейшая черта живых систем