Философская концепция Лаппо-Данилевского близка к феноменологии Э. Гуссерля, поскольку он исходил из представления о мировом целом как предельном объекте науки, из представления о человечестве как об особой, наделенной сознанием, части мирового целого. История человечества, в свою очередь, цельна и обладает единством на всем своем временном протяжении (эволюционное целое человечества) и единством на каждый данный момент (коэкзистенциальное целое человечества). История народа, страны, личности может быть интерпретирована лишь как часть этого целого. Философская концепция Лаппо-Данилевского испытала воздействие идей Михайловского, придававшего решающее значение в воздействии на среду активной творческой личности. Отсюда полемика мыслителя с учениями, сводившими социальные процессы к стихийности.
А. Е. Пресняков отмечал, что Лаппо-Данилевский был «убежденным представителем такой концепции истории, которая творческую силу процесса видит в человеческих сознаниях и, стало быть, активным носителем в нем движения определяет человеческую личность — индивидуальную и коллективную, в ее разуме и свободе».
В центре внимания историка — российский исторический процесс и русская общественная мысль периода перехода от культурно-исторического типа Московской Руси к новым формам общественной жизни, складывавшимся во взаимодействии с политическими и культурными процессами Западной Европы. Сам Лаппо-Данилевский определял главный предмет своих научных исследований как историю русской общественной мысли и культуры при ее переходе от цельности средневекового (преимущественно религиозного) сознания к освоению западных политических идей и выработке новой идентичности. Отчасти в традициях государственной школы Лаппо-Данилевский прослеживал роль государства в российском политическом и даже культурном развитии. Этой теме посвящен его доклад на Международном конгрессе историков в Лондоне («Идея государства и главнейшие моменты ее развития в России со времен Смуты до эпохи Преобразований»). Исследователи творчества ученого подчеркивают мысль о том, что он видел переход к новым формам политической жизни и культуры не как процесс слепого заимствования западных форм и идей, но как их активную переработку. Одну из главных проблем ученый видел в недостаточном развитии правового сознания общества и в своей общественной, педагогической и научно-академической деятельности уделял этой проблеме преимущественное внимание. В ряде работ Лаппо-Данилевский прослеживал историю формирования главнейших разрядов крестьянского населения в России, в университетском преподавании уделял особое внимание детальному рассмотрению частноправовых актов как источнику для изучения правового сознания общества. В ходе своей общественной деятельности ученый затрагивал практические проблемы права. Так, избранный в Государственный совет от академической и университетской курии, он выступал в нем за отмену смертной казни (1906), а в период подготовки к созыву Учредительного собрания работал в юридической комиссии Ф. Ф. Кокошкина по подготовке проектов будущей российской Конституанты.
Как ученый-историк и организатор академической науки Лаппо-Данилевский был активным участником (почетным председателем, вице-председателем) всех Международных конгрессов историков начала XX века, членом Бюро Международной организации Академий, членом Комиссии по созданию института социальных наук (1918), считал науку, деятельность научного сообщества важной движущей силой общественного развития страны. По свидетельству Преснякова, ученый мечтал «о свободном сотрудничестве России, как органичной части человечества, с другими народами: таков был завет русского мыслителя накануне великого кризиса всей мировой и русской жизни».
Архивы: Архив ран (С.-Петербург). Ф. 113. Оп. 1, 2.
Сочинения: Организация прямого обложения в Московском государстве со времен Смуты до эпохи Преобразований. СПб., 1890; Основные принципы социологической доктрины О. Конта // Проблемы идеализма. М., 1902;
Очерк истории образования главнейших разрядов крестьянского населения в России // Крестьянский строй. СПб., 1905. Т. 1.; Методология истории. СПб., 1910–1913. Вып. 1–2; История русской общественной мысли и культуры XVII–XVIII вв. М., 1990; The Development of Sciences and Learning in Russia // Russian Reality and Problems / Ed. by J. D. Duff. Cambridge, 1917.