В тот день, когда началась Великая Отечественная война, советские пароходы в последний раз повезли на Родину горючий камень с самой северной полярной «кочегарки». Однако оторванные от дома и страны 2000 полярников «Арктикугля» продолжали свой нелёгкий труд, не останавливая работу рудников.
В военном отношении и Баренцбург, и Грумант представляли хорошую мишень для фашистских бандитов, так как были совершенно беззащитны. В любую минуту немцы могли появиться на острове. Поэтому рудничное руководство приняло решение перенести часть продуктов в шахту и спрятать их там. В случае же высадки вражеского десанта предполагалось взорвать устье штольни, угольные склады, погрузочные механизмы и другие ценности, а все население должно было уйти в горы. Каждый полярник получил неприкосновенный продуктовый паек на 20 дней. Окрестные перевалы и важнейшие промышленные объекты рудников стали охраняться постами.
В конце июля из Баренцбурга заметили, как в горло Ис-фьорда вошли военные корабли. Один из них повернул в Грён-фьорд, а остальные направились дальше — в сторону Груманта и Лонгйира.
Прибывший в Баренцбург английский офицер вручил письмо посла СССР в Великобритании И. М. Майского консулу СССР на Шпицбергене.
Примерно через месяц над рудниками пролетел краснозвёздный самолёт-разведчик. Вскоре к архипелагу приблизились английские эсминцы, которые сопровождали огромный трехтрубный пароход «Королева Канады». Караван первоначально проследовал в Грён-фьорд. Имевший большую осадку пассажирский лайнер встал на рейде, а эсминцы подошли к причалам. Командование английской эскадры предложило населению Баренцбурга подготовиться в течение суток к эвакуации. Чтобы ускорить погрузку, разрешалось взять с собой лишь необходимые личные вещи.
Эсминцы перевезли баренцбуржцев на борт парохода, и караван двинулся дальше, в Ис-фьорд. На сборы шахтёрам рудника Грумант было дано только шесть часов. Ещё три часа ушло на эвакуацию нескольких десятков человек, работавших на земельном участке «Пирамида».
Закончив операцию, корабли взяли курс на Архангельск. У острова Медвежьего фашистские пираты попытались прорваться сквозь конвой, чтобы потопить пассажирское судно с сотнями гражданских людей, среди которых находилось немало женщин и детей. В результате боя удалось отбить вражескую атаку и уничтожить гитлеровскую подводную лодку. Через несколько дней советские полярники благополучно ступили на родную землю. Из Архангельска многие горняки отправились прямо на фронт, а остальные — на шахты восточных районов страны, нуждавшиеся в квалифицированных кадрах угледобытчиков.
В начале сентября аналогичным путём англичане эвакуировали норвежцев, живших на архипелаге. Их доставили в Англию, так как Норвегия находилась в то время в немецкой оккупации.
После того как на Шпицбергене не осталось населения, контроль над ним перешёл на время к фашистам. На острове Медвежьем они создали небольшой аэродром и стали совершать с него свои бандитские налёты на торговые суда, которые следовали с военными и продовольственными грузами из Англии и США через Исландию в советские порты Мурманск и Архангельск. Массовые плавания через Северную Атлантику и район Шпицбергена начались поздним летом 1941 года.
С островом Надежды, расположенным недалеко от южной оконечности островов Западный Шпицберген и Эдж, связана трагическая эпопея крупного грузового парохода «Декабрист». Ноябрьским утром 1942 года на судно, шедшее в Норвежском море без сопровождения, напали три немецких самолёта-торпедоносца и семь пикирующих бомбардировщиков. Получив пробоину, «Декабрист» начал быстро крениться на левый борт. Капитан вынужден был отдать приказ покинуть погибавший пароход, и вскоре четыре шлюпки, в которых разместилось 80 моряков, отошли ст его борта.
15 ноября две шлюпки (другие две пропали во время шторма) ткнулись в берег небольшого острова Надежды. Матросы, ушедшие на разведку, нашли маленький норвежский домик, бочку с бензином и мешок муки.
Наступила долгая полярная ночь. Холод и болезни пощадили только четырех членов экипажа «Декабриста»: капитана С. П. Беляева, женщину-фельдшера Н. М. Наталич, матросов П. Лобанова и В. Бородина. Неутомимый капитан уже в марте 1943 года начал деятельно готовиться к большому походу в Мурманск, для чего сделал на шлюпке мачту, руль и другое снаряжение… Но уйти самим не удалось: к острову подошла фашистская подводная лодка и пленила «робинзонов» военного времени. Три моряка (четвёртый умер от цинги уже на лодке) были доставлены в Тромсё и отправлены в концлагерь на северо-востоке Норвегии. Здесь их спасли бойцы Советской Армии в конце войны.