На Колупаевской стоянке обнаружены два культурных слоя мезолитического времени (вскрыто 280 кв. м). Нижний слой, оставленный в более раннее время, сохранился в виде пятен. С ним связаны два жилища, из которых удалось полностью зафиксировать только одно (№ 3). Оно прослежено на глубине 0,40 м от современной поверхности в виде серого пятна в светлом песке. Основание жилища было углублено от древней поверхности не более чем на 0,30 м, что позволяет считать его наземным. Размеры сооружения 7,5x4 м. В южной торцовой стене был сделан выход, который имел вид небольшого тамбура шириной 1,5 м, примыкающего к длинной стене. Он вел к берегу реки. Обращенная к берегу длинная стена сохраняла у основания глиняную обмазку, которая представляла собой полосу длиной 4 м и шириной 0,20 м (
Около жилища 3 находок было мало, но обнаружены еще три ямы с темным заполнением и вещами. Одна яма, судя по заполнению, состоящему из пепла и мелких углей, могла быть открытым очагом.
Второе жилище, связанное с нижним культурным слоем, оказалось разрушенным. Оно располагалось на юго-восточном краю террасы, недалеко от ее края, отмечено в виде большого скопления находок вокруг ям и на небольшой площади вокруг, а также видно в профиле. Еще одно жилище (№ 1) оставлено в период существования более поздней мезолитической стоянки. Значительная часть этого сооружения попала в осыпь и здесь собран большой подъемный материал. Часть жилища вскрыта раскопом. Очертания сохранившегося угла прослежены на глубине 0,50 м от современной поверхности, его основание было углублено на 0,20 м, так что жилище было, вероятно, наземным. Внутри размещались хозяйственные ямы и очаг. Общую форму основания восстановить не удалось, но, бесспорно, оно было прямоугольным.
Для нижнего культурного слоя характерны использование красного кремня хорошего качества и применение крупных ножевидных пластин. Вещественный материал представлен наконечниками стрел (3 экз.), скребками (12 экз.), резцами (28 экз.), пластинами с ретушью (28 экз.), ножами на крупных пластинах (1 экз.), скобелем (1 экз.), рубящими орудиями (2 экз.) — всего 75 предметов. Ножевидных пластин в целом немного больше, чем отщепов, соответственно 47,9 и 39,7 %.
Для верхнего культурного слоя характерны изделия из светлого и серого кремня, преобладают ножевидные пластины среднего и мелкого размера. Орудия состоят из наконечников стрел (13 экз.), скребков (20 экз.), резцов на пластинах (73 экз.), пластин с ретушью (65 экз.), ножей на пластинах и отщепах (6 экз.), рубящих орудий (5 экз.), грубых нуклевидных орудий (2 экз.) — всего 185 предметов. Ножевидных пластин почти вдвое больше, чем отщепов, их соотношение составляет 56, 24 и 30 %. Характерной чертой кремневого инвентаря верхнего слоя Колупаевской стоянки можно считать применение микропластин и пластин средней величины, которые использовали для работы, не укрепляя в составные орудия. Микропластины, скорее всего, являлись лезвиями вкладышевых орудий. Почти все наконечники стрел сделаны из ножевидных пластин и ретушированы по острию и у основания на брюшке. Изредка применялась дополнительная ретушь на спинке. Наконечники стрел представлены иволистными и черешковыми формами. Найдено много резцов, которые делали из пластин, отщепов и кусков кремня. Представлены двойные (19 экз.), угловые (44 экз.), срединные (1 экз.), случайной формы (9 экз.) — всего 73 экземпляра резцов. Рубящие орудия сделаны из кремневых отщепов, у них овальная в плане форма, но слегка вытянут обух, брюшко отщепа не подработано, на спинке сохраняется валунная корка, тщательно обработаны только рабочий край и боковые стороны (табл. 16). Представляют интерес обломки ножей на крупных ножевидных пластинах, обработанные крутой ретушью по краям. Они найдены в верхнем слое Колупаевской стоянки (2 экз.) и в нижнем слое (1 экз.), а также в Колупаевской 2 и на стоянке Усть-Еденга (