Строить самолет поручили Смоленскому авиазаводу. Летом 1988 года машина покинула сборочный цех, и 16 августа Э.Н. Чельцов опробовал ее в воздухе, подняв с заводского аэродрома. В ходе четвертого полета по программе заводских испытаний М-55 перелетел в город Жуковский, где и продолжилась оценка его летных характеристик. Всего в Смоленске построили четыре самолета этого типа.
Самолет М-55 «Геофизика» – конверсированный вариант разведчика
В сентябре 1993 года летчики-испытатели В. Васенков, В. Бухтияров и О. Щепетков установили на М-55 восемнадцать мировых рекордов скороподъемности на высоты до 20 000 метров.
В следующем 1994 году летчик-испытатель В.В. Архипенко продолжил на «Геофизике» (RA – 55204) исследования, начатые на М-17. Для этого Центральная аэрологическая обсерватория совместно с ЭМЗ имени В.М. Мясищева и научными организациями стран Евросоюза разработала проект летающей научной лаборатории на базе самолета М-55 и провела исследования химического состава и строения высоких слоев атмосферы в различных регионах земного шара. В 1996 году при участии летчика-испытателя ЭМЗ В.В. Васенкова началось изучение озонового слоя в западном секторе Арктики. Подготовка и испытательные полеты М-55, оснащенного исследовательской аппаратурой, разработанной в странах – участнцах эксперимента, проводилась на одной из баз итальянских ВВС вблизи Рима. Параллельно с испытательными полетами исследовалось состояние атмосферы на больших высотах над итальянской столицей.
М-55 «Геофизика» (RA – 55204) – участник многих полетов по изучению стратосферы
Вслед за этим самолет перелетел на аэродром Санта-Клаус вблизи финского города Рованиеми. По пути в Финляндию над территорией Германии М-55 пыталась безуспешно перехватить пара МиГ-29 из люфтваффе, а над Швецией – пара «Виггенов».
В эксперименте участвовали специалисты России, Болгарии, Великобритании, Германии, Италии и Швейцарии. Полеты с финского аэродрома проводились ночью в сторону побережья Гренландии, к островам Шпицберген и Новая Земля на высотах до 21 км. Дважды В.В. Васенкову довелось летать в паре с самолетом-ретранслятором «Фолкон», осуществлявшим наведение на перламутровые облака, «рождавшиеся» на высотах около 19 км. Поскольку упомянуто имя летчика-испытателя ЭМЗ имени В.М. Мясищева Васенкова, то следует отметить: ему довелось испытать М-55 на больших углах атаки в условиях обледенения и в режиме автоматического управления на высотах 20–21 км при наружной температуре воздуха 83 градуса ниже нуля по шкале Цельсия.
К сожалению, полеты на М-55 не обошлись без жертв. 29 мая 1995 года в испытательном полете на машине с опознавательным знаком RA – 01552 погиб летчик-испытатель Эдуард Чельцов.
Следует напомнить, что специалисты ЭМЗ имени В.М. Мясищева создали самолет в соответствии с требованиями военных. И заказчик отслеживал эту машину, но недолго. 13 ноября 1998 года потеряли М-17Р (разведывательный вариант М-55 «Геофизика»). В тот день летчик-испытатель 929-го ГЛИЦ ВВС имени В.П. Чкалова выполнял очередной испытательный полет, когда, находясь в воздушном пространстве Казахстана (там сохранились многочисленные телеметрические «точки» и полигоны бывшего НИИ ВВС), на высоте 12 000 метров самолет накренился на угол около 60 градусов и сорвался в правый штопор. Попытка вывести машину из этого, не свойственного разведчику «состояния» не увенчалась успехом, и пилот вынужден был катапультироваться. После потери этой машины на ЭМЗ имени В.М. Мясищева остался лишь один М-55.
В самолете М-55 при полетах на потолке, по образному выражению летчика-испытателя Олега Щепеткова,