И уехал в Фили.
Первые полеты выполнялись с бесфорсажными двигателями ВД-7, лишь впоследствии внутренние ТРД заменили ВД-7М с форсажными камерами.
В ходе летных испытаний взлетный вес самолета, видимо, не превышал 115 тонн, что объясняется использованием двигателей с тягой, значительно меньшей расчетной. М-50А совершил восемнадцать испытательных полетов, когда в 1960 году приняли решение о прекращении работ по нему и по построенному к этому времени М-52, являвшемуся фактически модификацией своего предшественника. Причин здесь несколько, но главными являются несоответствие характеристик самолета заданным постановлением Совета Министров СССР и, разумеется, политика правящего режима тех лет, направленная фактически на принижение роли ВВС в современной войне.
Схема самолета М-50 с двигателями М16-17Б
Во время испытаний самолета не обошлось без неприятностей. 12 мая 1960 года во время «гонки» двигателей на территории летно-испытательной базы самолет сорвался с тормозов и врезался в стоящий напротив 3МЕ, унеся жизнь радиста Кручинина. М-50А отремонтировали, а 3МЕ – списали.
В одном из полетов лопнул топливный трубопровод. Керосин хлынул мощным потоком на горячие узлы двигателя и лишь по счастливой случайности не возник пожар.
Решение о показе М-50 на воздушном параде в Тушино было принято в конце мая 1961 года, уже после ликвидации ОКБ-23. Самолет, простоявший на земле почти год, к показательному полету подготовила бригада под руководством Я.Б. Нодельмана. Летчики Н.И. Горяйнов и А.С. Липко после четырех тренировочных полетов 9 июля продемонстрировали общественности машину, поставив этим вылетом точку в деятельности ОКБ-23.