С мифом о Шехине тесно связан миф о ковчеге. В ранней истории Израиля ковчег имеет двойную ассоциацию. Согласно одной исторической традиции, он связан с путешествиями по диким землям и первой эпохой поселений в Ханаане. Другая традиция связывает его с Давидом и культом Иерусалима. Установлено, что кочевые племена арабов с древних времен перевозили свой скарб в деревянном сундуке в специальной палатке на спине верблюда. Поэтому в эпоху ранних поселений, когда племена кочевали независимо друг от друга, как это и было согласно Книге Судей, у каждого племени, возможно, был свой собственный священный сундук. Согласно культовому мифу о богоявлении на Синае, все двенадцать колен Израиля собрались у подножия Синая и заключили завет. Но мы знаем, что лишь небольшая часть этих колен двинулась в Египет и позднее была освобождена Моисеем. Мы также знаем, что объединение израильтян в двенадцать колен совершилось много лет спустя после поселения в Ханаане, вероятно, только при Соломоне. Поэтому традиция, согласно которой поселение израильтян в пустыне представляет собой симметрично оформленную площадь, где расположены двенадцать колен с ковчегом посередине, больше относится к культовому мифу, нежели к истории. Согласно традиции, связывающей ковчег со странствиями по пустыне, он находился впереди двенадцати колен и опережал их на три дня, чтобы священнослужители, несущие его, могли найти место для стоянки. Так происходило все сорок лет странствий по пустыне, и кульминация этого путешествия наступила, когда племена перешли реку Иордан и взяли Иерихон. Трудно сказать, что в действительности стоит за этим мифом. В Книге Исхода говорится, что Моисей поставил шатер за границей лагеря и назвал его «скиниею собрания». Когда он входил в шатер, опускался Шекинах, столп облачный, у входа в него, и из облака Яхве разговаривал с Моисеем, а люди наблюдали за ними. Во Второзаконии Моисей говорит израильтянам, что после того, как они сотворили золотого тельца и нарушили первые скрижали закона, Яхве повелел ему сделать деревянный ковчег, или сундук, и поместить туда вторые скрижали со сводом законов. Далее он говорит, что выполнил наказ Яхве, таблички эти все в сундуке. Таким образом, мы имеем дело с историей о шатре и ковчеге, которая сильно отличается от культового мифа. Следует также отметить, что в благословениях и проклятиях, произносимых у святыни Шехема, нет упоминания о ковчеге.
В Книге Судей имеется единственное упоминание о ковчеге, хотя можно было ожидать сведений и рассказов, что ковчег принимал участие в различных военных кампаниях и войнах, в которых израильские племена (колена) участвовали в период поселения в Ханаане. Такое упоминание встречается только в конце книги и несколько отличается по содержанию от истории из Книги Иисуса Навина, где говорится, что шатер встреч и ковчег находятся в Шилохе. В примечании, которое сделано составителями Книги Судей, говорится, что ковчег с текстом завета с Господом Богом находится в Бетеле и что охраняет его правнук Аарона.
Первый эпизод связан с захватом ковчега филистимлянами. В схватке между филистимлянами и израильтянами последние терпят поражение. Старейшины принимают решение послать за ковчегом, и его приносят в лагерь два сына Илии, Хофни и Финеас. Когда филистимляне узнают об этом, они приходят в ужас: «Кто спасет нас от рук этих могущественных богов? Эти боги победили египтян, наслав на них страшные несчастья». Однако они все-таки собираются и нападают на израильтян, побеждают их в страшной битве и захватывают ковчег. Они уносят его и помещают в храме Дагона в Ашдоде. Когда утром священнослужители входят в храм Дагона, они видят, что его истукан лежит ниц перед ковчегом. Они ставят его на место, а на следующее утро они находят его на полу сломанным, а ноги и руки его лежат на пороге храма. Здесь рассказчик отмечает, что это причина, по которой с тех пор никто не наступает на порог храма. Видимо, именно этот случай имеется в виду, когда Яхве говорит: «Я накажу всякого, кто наступит на мой порог».