Но владельцы хлеба его придерживали. Исаак Масса, живший в Москве, писал: «Запасов хлеба в стране было больше, чем могли бы его съесть все жители в четыре года …у знатных господ, а также в монастырях и у многих богатых людей амбары были полны хлеба, часть его погнила от долголетнего лежания, и они не хотели продавать его…». Цены стремительно росли. Весной 1601 г. четверть пуда ржи стоила 30 денег, а в феврале 1602 г. – рубль (200 денег). Весной мороз погубил посевы озимых. Осенью 1602 г. цена ржи достигла 3 рублей за четверть. Разразился страшный голод. Масса пишет: «…наступила такая дороговизна и голод, что подобного не приходилось описывать ни одному историку. …Так что даже матери ели своих детей… ели также мякину, кошек и собак… И на всех дорогах лежали люди, помершие от голода, и тела их пожирали волки и лисицы». Годунов приказал выдавать в Москве хлеб из государевых житниц. Прослышав об этом, в Москву стал стекаться люд со всей Руси, хлеба не хватало и люди умирали на улицах. Авраамий Палицын сообщает, что в Москве было похоронено 127 тыс. погибших от голода.
Разбои охватили всю Центральную Россию. В 1603 г. вспыхнуло восстание Хлопка с трудом подавленное. В 1604 г. на границе с польской Украиной, в Северской земле, появился с небольшим отрядом юноша, объявивший себя царевичем Дмитрием, чудом спасшимся от убийц. Северская земля его поддержала. Крестьяне не хотели закрепощения, казаки и дворяне не желали нести тяготы «государевой пашни» и были не прочь пограбить богатых московитов. Беглые холопы Годунова ненавидели, многие были повстанцами Хлопка. «Царевич» обещал всем всё: «живущим во градех и селех от большого чину до малого великую свою милость показать: оным величество и славу, оным богатство и честь, иным вольность и во всех винах пощада». Народ откликнулся. В мае 1605 г., после смерти Годунова, самозванцу присягнуло царское войско, стоявшее под Кромами. Сын Годунова, Фёдор, и его мать были задушены. В июне 1605 г. «царевич» вступил в Москву и 21 июля венчался на царство.
Часть своих обещаний новый царь выполнил. Дворянам он увеличил денежные и земельные оклады за счёт денег, выданных из царской и монастырской казны и намеченного им пересмотра монастырских земельных владений. Южные районы отблагодарил за поддержку, на 10 лет освободив от налогов и отменив отработку «десятинной пашни». Указом от 1606 г. он
Годы 1604–1606 были для России благополучными: хлеба в стране вновь было с избытком, и цены на рожь вернулись к тем, что были до голода. В связи с нехваткой рабочих рук реальная плата за труд возросла против старых сытых времен в полтора раза. Но собирать налоги в прежних размерах стало сложно, ведь число тяглых людей уменьшилось. Между тем «Дмитрий» остро нуждался в деньгах для выплаты наделанных долгов и подготовки войны с Турцией. Весной 1606 г., после сбора налогов в казну, современники отметили, что «Дмитрий стал тяжёл подданным в податях». 17 мая 1606 г. «Дмитрий Иоаннович» был убит боярскими заговорщиками. 1 июня 1606 г. бояре избрали на престол главу заговора – Василия Шуйского.
Нефёдов не называет причину, запустившую системный кризис в России, поскольку она не укладывается в неомальтузианскую концепцию. Между тем она очевидна – это убийство боярами любимого в народе царя. В течение года правления «Дмитрия Иоанновича» в России было спокойно, теперь же страна всколыхнулась: поднялся мятежный юго-запад. Нашелся и вождь. Им стал Иван Болотников, решивший постоять за якобы спасшегося царя. Во главе войска из казаков, мелкопоместных дворян и крестьян Болотников дошел до Москвы и в октябре 1606 г. осадил столицу. В «листах», обращенных к городской бедноте и холопам, он призывал, чтобы они расправлялись с врагами царя Дмитрия – «побивали бояр… гостей и всех торговых людей» и захватывали их имения. Повстанцы говорили: «Идем вси и приимем Москву, и потребим живущих в ней и обладаем ею, и разделим домы вельмож сильных, и благородные жены их и тщери приимем о жены себе».