Были разосланы грамоты «от всей земли» по городам (первая отправлена из Ярославля в Сольвычегодск 7 апреля 1612 г.). В них разъясняются причины созыва нового ополчения, его задачи и нужды. Утверждается, что первое ополчение погубили «заводчики злу» — атаманы и казаки «с их началником, с Иваном Заруцким». Они убили воеводу Ляпунова и многих дворян «и учати совершати вся злая по казацкому воровскому обычаю». Поэтому служилые люди созвали новое ополчение: «Столники же и стряпчие, и дворяне и дети боярские всех городов, видя неправедное их начинание, из под Москвы разъехались по городом и учали совещатися со всеми городы, чтоб всем православным христианам быти в совете и в соединенье, и выбрати государя всей землею». Для избрания государя городам следует присылать «к нам, в Ярославль, изо всяких чинов человека по два, и с ними совет свой отписати». Предлагалось следовать нижегородцам и «промеж себя обложить, что кому с себя дать на подмогу ратным людям... чтоб всем нам единокупно за свою веру и за отечество... стояти».
В грамотах первыми подписывались бояре, съехавшиеся в новый центр власти — в Ярославль. Пожарский подписывался десятым, Минин — пятнадцатым. Табель о рангах соблюдался жёстко, хотя грамоты подписывали всех чинов люди. Большинство городов севера и северо-востока признали Земской совет в Ярославле и собирали деньги на второе ополчение; города юга и отчасти центра России поддерживали Трубецкого и Заруцкого. В самом Ярославле бояре, не желая терпеть местнические «потерьки», отказывались подчиняться Пожарскому. Ещё хуже случилось с Биркиным, приведшим казанское ополчение в Ярославль. Бояре отказались признать его воеводой, но за Бирки на заступились казанцы, смоленские дворяне и нижегородские стрельцы. Спор чуть не перешел в сражение. Кончилось тем, что большинство казанцев вернулось домой. Остался отряд служилых татар и 30 дворян. Пожарскому и Минину приходилось быть гибкими, но власть над войском они удержали.
Весной 1612 г. войско Пожарского очищает от шаек казаков Замосковье. Запорожцев изгнали из Бежецка, казаков Заруцкого — из Суздаля, Углича, Пешехонья и Переславля-Залесского. Четыре атамана перешли на сторону Ярославля. Всех казаков, согласных отстать от Заруцкого, в Ярославле принимали на службу и давали «жалованье земское довольное». Стремясь обезопасить тылы от шведской угрозы, Пожарский и члены Совета прибегли к дипломатии. Новгородская земля была оккупирована шведами, которые, в отличие от поляков, предоставили покорешюй земле автономию — статус Новгородского государства; во главе его должен был встать шведский принц Карл-Филипп, обещавший принять православие. На совете в Ярославле решили, что принявший православие принц может подойти как царь и для Московского государства. Тогда Новгород останется в составе России.
В мае 1612 г. ярославское посольство начало переговоры в Новгороде с митрополитом Исидором и шведским наместником Якобом Делагарди. Переговоры длились больше двух месяцев. 26 июля стороны договорились о подписании перемирия Московского и Новгородского государств. Позиция Пожарского относительно избрания принца Карла-Филиппа была чёткая: земские люди согласны соединиться с Новгородским государством, когда шведский принц прибудет в Новгород и примет православие. До тех пор говорить не о чем. Пожарский также предупредил, что Земский собор согласен ждать лишь до исхода лета. Если принц не прибудет в Новгород к концу лета, тогда люди в русских городах придут в сомнение, потому что «великому государству без государя долгое время стоять нельзя». Шведская угроза была отведена.
Видя усиление земского ополчения в Ярославле, подмосковные вожди Заруцкий и Трубецкой попробовали с ними договориться. Ещё в мае из Пскова бежал третий Лжедмитрий (Матгошка или Сидорка), но был пойман, послан в Москву и по дороге убит. В начале июня подмосковный Совет земли отказался от присяги лжецарю и отправил посольство в Ярославль. Трубецкой, Заруцкий и члены подмосковного совета извещали ярославский «Совет всея земли» о низложении Вора, клятвенно обещали впредь не затевать иного воровства и отрекались от Маринки и ее сына. Они предлагали ярославцам объединиться «во всемирном совете», чтобы избрать царя всем сообща. Их повинная вызвала раздор в «Совете всея земли» — «междоусобные смутные словеса», но войско было настроено против примирения. Дворяне обвиняли Заруцкого в злом умысле: «Князя Дмитрия, — говорили они, — манят под Москву, казаки хотят его убити, как Прокопия Ляпунова убили». Как пишет летописец, Заруцкий хотел «оное собрание, стоящее в Ярославле, рассыпать». В результате из Ярославля продолжали рассылать грамоты с обвинениями Заруцкого.