Прокопий Ляпунов — человек с очень сильным характером, прямой и резкий, пользовался поддержкой земцев, но казаки, грабежи которых он пресекал, его не любили. Завидовал ему и Заруцкий, столкнувшийся с человеком во всём его превосходившим. Ляпунов создал Земское правительство, ведавшее вопросами обороны и снабжения войска. При его поддержке был подготовлен «Приговор» ополчения, заложивший основы управления Россией. Там была статья об отмене приставств — городов и сел, выделяемых казакам для «кормления». Их заменили поместьями для старых казаков и выплатой довольствия новым. Отмена приставств окончательно озлобила казаков. Поляки этим воспользовались. Комендант Кремля Госевский изготовил грамоту, якобы написанную Ляпуновым, в которой «велено казаков по городам побивать» и при размене пленных сумел доставить ее в казачий лагерь. Как пишет Маскевич, казаки пригласили Ляпунова в лагерь и «разнесли на саблях». Карамзин (следуя летописям и Маскевичу) не сомневается, что в заговоре участвовал Заруцкий:
«Имея тайную связь с атаманом-триумвиром, Госевский из Кремля подал ему руку на гибель человека, для обоих страшного; вместе умыслили и написали именем Ляпунова указ к городским воеводам о немедленном истреблении казаков в один день и час. Сию подложную, будто бы отнятую у гонца бумагу представил товарищам атаман Заварзин: рука и печать казались несомнительными. Звали Ляпунова на сход: он медлил; наконец, уверенный в безопасности двумя чиновниками... явился среди шумного сборища казаков; выслушал обвинения; увидел грамоту и печать; сказал: «Писано не мною, а врагами России»; свидетельствовался Богом; говорил с твердостью; смыкал уста и буйных; не усовестил единственно злодеев: его убили».
Ляпунова убили 22 июля 1611 г. Заруцкого в казачьем таборе в тот день не было — атаман не хотел выглядеть убийцей. Он, наконец, стал властителем ополчения. (Князь Трубецкой, старший воевода, обычно соглашался с его решениями.) Но мораль ополчения падала: служилые люди, потрясенные убийством Ляпунова, разъезжались по домам. Атаману не удалось убедить казаков избрать в цари Ивана Дмитриевича: казаки понимали, что вместо младенца править будет мать, а Марину они не любили. К тому же в Пскове появился человек, объявивший себя ещё раз спасшимся царем Дмитрием, и случилось невероятное — 2 марта 1612 г. казачий круг вместе с московскими чёрными людьми признал его государем. Заруцкий и Трубецкой, помня о судьбе Ляпунова, присягнули новому самозванцу. Правда, после присяги «холопы Митка (Трубецкой) и Ивашко Заруцкий» били челом «государыне» Марине Юрьевне и «государю царевичу». Сына своего Заруцкий отправил в Коломну в стольники к царице.
Настоящую опасность для Заруцкого и Марины представляло Второе земское ополчение, не признающее любых «Дмитриев» и их потомство. В феврале 1612 г. земцы двинулись из Нижнего Новгорода вверх по Волге. В апреле войско во главе с князем Пожарским вступило в Ярославль. Заруцкий подослал убийц, но они не сумели убить князя, и Заруцкий был разоблачен. Он не стал дожидаться прихода Пожарского и 17 июля ушел в Коломну. С ним ушли 2 тыс. казаков, но большинство казаков осталось под началом Трубецкого. Забрав из Коломны Марину с ее ребенком и ограбив город, атаман ушел за Оку, в Михайлов. Дальнейшее принесло разочарование любовникам. Ополченцы вместе с казаками отбили войско Ходкевича от Москвы и взяли Белый город и Кремль. В Москве начались выборы царя. Казаки предлагали избрать либо Михаила Романова, либо Ивана, сына Марины. Но земские выборщики — от духовенства до посадских людей, — были против «ворёнка». В январе 1613 г. выборщики постановили: «Маринки и сына ее на государство не хотети». Избрание царем Михаила 21 февраля 1613 г. окончательно похоронило надежды Марины видеть сына царем.
После избрания царем Михаила Марина предлагала уйти за литовский рубеж, но Заруцкий ещё помышлял о царстве в Астрахани. В марте 1613 г. Заруцкий с Мариной и казаками направился к Воронежу. Там их настигло царское войско Ивана Одоевского. После двухдневного сражения атаман отступил на Дон. В его войске зрело недовольство, казаки хотели схватить Заруцкого с Мариной и отправить в Москву, но атаман ускользнул. Вместе с Мариной и горстью казаков осенью 1613 г. он добрался до Астрахани. Воровская Астрахань распахнула ворота. Заруцкий объявил народу «бутто литва завладела Москвой». Составилось войско из казаков, татар и воровских людей. Атаман заставил ногайских ханов присягнуть Ивану Дмитриевичу и направил посольство к шаху Аббасу. Послы сообщили о желании Астраханского царства перейти в подданство Персии. Они просили о помощи воинскими людьми, деньгами и хлебом. Шах пообещал прислать 500 воинов, припасы хлеба и пожаловать 72 тыс. рублей.