После подавления мятежа Минной дивизии были арестованы 15 человек: 5 офицеров и 10 матросов. Так как Балтийский флот решил сам «разобраться» с Минной дивизией, Петроградским Советом было решено «арестованных контрреволюционеров оставить в распоряжении следственной комиссии, организованной самими матросами. На суде Кронштадтского ревтрибунала, под председательством Л. А. Бергмана, обвинитель – главный комиссар Балтфлота И. П. Флеровский потребовал приговорить всех пятнадцать арестованных к смерти. Но его инициатива не нашла поддержки. Вчерашнему сельскому учителю тут же доходчиво объяснили, что матросы матросов просто так не убивают. 4 сентября 1918 года 12 моряков дивизии приговорили к принудительным общественным работам сроком от 3 до 15 лет с лишением гражданских и всех политических прав. Одного матроса приговорили к полугоду тюрьмы с «исключением навсегда из флота», еще одного оправдали. Четверых же скрывшихся моряков, объявили вне закона. Но уже через два месяца «суд общественной совести Кронштадта» на основании амнистии, объявленной 7 ноября 1918 года, в честь первой годовщины Октябрьского восстания, изменил сроки наказания (снизив их всем до 2 лет), а двое моряков были вообще освобождены. Спустя еще несколько месяцев были освобождены и остальные, осужденные по делу мятежа Минной дивизии. Такую снисходительность к мятежным балтийцам на фоне разгоравшейся в стране Гражданской войны, а также красного террора следует отнести за счет того, что большевики все еще нуждались в революционных матросах и путем уступок старались удерживать их на своей стороне. Прощение мятежников Минной дивизии и было как раз одной из таких незначительных уступок с их стороны, которая, однако, была весьма положительно оценена балтийцами.