Понимая, что на следующий день протрезвевшие матросы могут забыть про музыкальные инструменты и взяться за оружие, петроградские власти не стали терять времени. Ночью около полусотни верных большевикам матросов и красноармейцев окружили экипаж и без всякого сопротивления арестовали еще не проспавшихся зачинщиков. Уже днем одиннадцать организаторов выступления были расстреляны Петроградской ЧК. Был арестован, но не был расстрелян и левый эсер-матрос Я. А. Шашков.
Отметим, что, несмотря на очередной антиправительственный демарш матросов, большевики в несостоявшемся мятеже обвинили вовсе не их, а левых эсеров. Так, заместитель председателя Петроградской ЧК Н. К. Антипов, выступая на собрании Петроградского Совета 15 октября, заявил: «Все резолюции и весь план фарсового восстания был разработан на конференции левых эсеров, где присутствовали представители правого левоэсеровского лагеря и один монархист. Там же решено послать своих представителей для поднятия восстания в воинские части…» В соответствии с этой информацией была принята следующая резолюция собрания Петросовета: «Авантюра 14 октября была жалкой копией с жалкого июльского мятежа… матросы, красноармейцы отвернулись вчера от авантюристов так же, как они отвернулись от них в июле в Москве и во всей России». В газетах сообщения о выступлении матросов 2-го Балтийского экипажа также назывались «левоэсеровской авантюрой». Писали, что эта авантюра левых эсеров будет еще «почище московской», прозрачно намекая на левоэсеровский мятеж в Москве 6–7 июля 1918 года. Одновременно была организована и пропагандистская кампания, в ходе которой те же газеты печатали покаянные обращения бывших левых эсеров о недопустимости выступления против большевиков в условиях классовой борьбы. В целом официальная версия выстраивалась так, что именно эсеры задумали коварные планы, но они не нашли поддержки в матросской среде, и, таким образом, матросы чуть ли сами не сорвали их эсеровские происки. Разумеется, это была не вся правда. Какую бы работу левые эсеры ни вели, успех её целиком определялся обстановкой на флоте и настроениями матросов. К этому времени Советская Россия потеряла все флоты, и «погода» всего флота окончательно стала создаваться на Балтике. Балтийский флот, пережив потерю своих военно-морских баз из-за Брестского мира и связанный с этим мятеж Минной дивизии, в вопросах комплектования и в бытовом отношении был, по сути, предоставлен самому себе. Власти, обнаружив, что революционный авторитет моряков, завоеванный ими в 1917 году, имеет тенденцию проявляться в антибольшевистских выступлениях, предпочитали не трогать их, лишь бы они не активничали в политике.
Отметим, что среди тех матросов, которые ночью ворвались в казармы 2-го флотского экипажа и арестовали заговорщиков, были и молодые матросы с кораблей Минной дивизии.
Председатель Совнаркома Союза коммун Северной области Г. Е. Зиновьев, выступая на заседании Петроградского Совета 16 октября, так говорил о «перевоспитавшихся» матросах Минной дивизии: «Они поступали всегда с определённой серьёзной рекомендацией как от профсоюза или политической партии, или крестьянского комитета бедноты. Конечно, я не говорю, что все они поголовно ангелы, но громадное большинство до сих пор выполняло долг, который они брали на себя». Г. Е. Зиновьев даже поставил матросам Минной дивизии в заслугу подавление «мятежа Минной дивизии».
В целом же попытка противопоставить «новые» матросские кадры старым, в связи с мятежом 2-го Балтийского флотского экипажа, была вызвана лишь сиюминутным положением дел и поэтому сразу же вошла в противоречие с долговременным фактором, отложившимся в общественном сознании, – признания высокой роли матросов в революции. Это признание было особенно значимо в свете приближающейся первой годовщины Октября. Поэтому уже на следующий день на массовом матросском митинге в Морском корпусе, куда прибыло до десяти тысяч революционных матросов (зал не мог вместить всех желающих), это сыграло важную роль. В своей речи на митинге Г. Е. Зиновьев не только не вспоминал об измене «новых кадров», а вообще как мог умалял вину 2-го флотского экипажа и откровенно заигрывал с матросами, всячески превознося их роль как «красы и гордости» российской революции.