Несмотря на все усилия внутренней и внешней контрреволюции, долго не удавалось развязать крупномасштабную гражданскую войну в России. Проходили только локальные вооруженные выступления белогвардейцев. Весной 1918 года взорвал ситуацию Чехословацкий корпус, сформированный в царское время из австро-венгерских пленных, чехов и словаков, желавших бороться за независимость своей родины. После заключения Брестского мира корпус погрузился в эшелоны и двинулся к Владивостоку, чтобы оттуда отправиться в Западную Европу. Совнарком передал через И.В. Сталина: «Чехословаки продвигаются не как боевая единица, а как группа свободных граждан, везущая с собой известное количество оружия для защиты от покушений со стороны контрреволюционеров».
Вдруг 21 мая многие Советы тех территорий, через которые продвигались эти эшелоны, получили телеграмму начальника оперативного отдела Наркомвоенмора С.И. Аралова: «По приказанию Троцкого предлагаю вам предложить чехословакам, находящимся в эшелонах, организоваться в рабочие артели по специальности или вступить в ряды советской Красной армии». Затем последовало указание: «Предлагаю немедленно принять срочные меры к задержке, к разоружению и расформированию всех эшелонов и частей Чехословацкого корпуса…»
Однако еще раньше чехословацкое руководство провозгласило корпус «составной частью чехословацкого войска, состоящего в ведении Верховного главнокомандования Франции». Троцкий, помимо всего прочего, обострял отношения России с Францией, в то время как в апреле японцы высадили десант во Владивостоке.
Секретные приказы Троцкого стали каким-то образом известны командованию Чехословацкого корпуса, принявшему решение: оружие не сдавать, а при необходимости пробиваться на восток с боем. Троцкий 25 мая издал приказ № 377, согласно которому, все Советы были обязаны немедленно разоружить чехословаков под угрозой расстрела. Если в одном из эшелонов окажется хоть один вооруженный, все должны быть выгружены из вагонов и заключены в лагерь для военнопленных. (И это секретное распоряжение тут же стало известно чехословакам.)
28 мая Аралов направил омскому военному комиссару телеграмму: «Троцкий приказал, его приказ по отношению к чехословакам привести в исполнение. Вам посылаются бронированные поезда из Москвы». Сызранский Совдеп пропустил через Сызрань эшелоны, заключив с ними договор. Но из Москвы летели грозные телеграммы Троцкого, и в тыл пропущенным чехословацким эшелонам был направлен сызранский гарнизон, усиленный подошедшими подкреплениями. Из Самары навстречу им шли войска Красной армии. Разбив под Липягами большевиков, чехословаки взяли Самару. Там при их поддержке было создано правоэсеровское правительство — Комитет Учредительного собрания. Крестьянские дружины окружили Ижевск и Златоуст, где начались антисоветские восстания. Оживились уральские белоказаки Толстова и разбитые большевиками оренбургские казаки Дутова. Деникин двинулся на Северный Кавказ. Краснов атаковал красных с юга. Возник единый антисоветский фронт. Началась Гражданская война.
В телеграмме, направленной Совнаркому 30 мая 1918 года, чехословаки справедливо возлагали ответственность за вооруженный конфликт на советскую власть, которая «…в лице военного комиссара Троцкого вела переговоры с чехословаками неискренним способом, обещая делегациям чехословаков одно и отдавая местным Совдепам тайные распоряжения совсем другого рода».
Троцкий стоял на своем: «Остается во всей силе приказ о расстреле застигнутых с оружием в руках». Это усугубило ситуацию. Справиться с мятежом удалось не благодаря, а вопреки действиям Льва Давидовича. В той междоусобице у него были немалые заслуги в связи с созданием Красной армии, использованием в ее рядах высокообразованных царских офицеров и генералов Генштаба. Именно им принадлежат по праву лавры победителей, а вовсе не безмерно прославленным тогда Тухачевскому, Якиру и некоторым другим красным командирам.
18 июня 1919 года Троцкий, находясь в Харькове, издал приказ № 112: «Южный фронт наш пошатнулся. Кто виноват?… Ворота открыты… анархо-бандитами, махновцами… Чрезвычайный военный революционный трибунал под председательством товарища Пятакова рассмотрел дело о предателях махновцах… махновский штаб уничтожен, но яд махновщины еще не истреблен».
Эти обвинения не имели оснований. Махно отклонил предложение Шкуро перейти на сторону белых. Его армия обороняла широкий участок фронта, потерпела поражение в 20-х числах мая, но продолжала сражаться с деникинцами еще почти месяц. Командование Украинским фронтом доносило: «Махно еще сражался, когда бежала соседняя 9-я дивизия, а затем и вся 13-я армия… Причина поражения Южного фронта отнюдь не в украинской партизанщине» (махновщине).