Тревога не покидала его. Он стал опасаться, что Малатеста, узнав о его разговоре с гонфалоньером, отомстит ему. У этого мясника руки были по локоть в крови, и о его жестокости ходили самые невероятные слухи. В те тревожные дни многие добропорядочные семьи выехали из города — в основном представители имущих слоёв и знати. Простому народу некуда было бежать, и люди, охваченные общим порывом, думали только об одном: как защитить родной город и республиканские устои.
Микеланджело отправил отца и вдову брата с племянником Лионардо в Пизу, куда не доходило эхо войны. За девочку Франческу можно было не беспокоиться, ибо она была под надёжной защитой монахинь-кармелиток за прочными стенами монастыря в горах. Два младших брата, получив от него деньги, сами о себе позаботились и скрылись от греха подальше, ибо высокие цели защиты республики им были чужды.
Предчувствуя трагическую развязку событий, Микеланджело не выдержал нависшей над городом угрозы, ощущением которой был пропитан сам воздух, и объятый паническим страхом, похожим на манию преследования, тайно покинул Флоренцию и вверенные ему позиции. В посланном с дороги письме другу Баттисте делла Палла от 25 сентября 1529 года он объяснил причину своего внезапного исчезновения: «Я уехал, не сказав никому ни слова, в большом смятении духа. Утром во вторник, когда я находился на крепостном валу у Сан Никколо, кто-то шепнул мне на ухо, что если мне дорога жизнь, дальше оставаться во Флоренции опасно… Был ли то Бог или дьявол — я не знаю».
Но если вспомнить подобные ситуации в прошлом, когда он в панике бежал из Флоренции в Венецию осенью 1494 года или его скоропалительный отъезд из Рима в 1506 году, где, как было сказано одним из друзей, гробница скорее понадобится ему самому, а не папе Юлию, то можно утверждать, что «дьяволом» был всё тот же не отпускающий его душу утробный страх, граничащий с паранойей и полностью затмевающий разум.
Окольными путями вместе с сопровождавшим его помощником Мини он достиг Феррары, но не решился воспользоваться гостеприимством герцога Альфонсо д’Эсте, который в шутку предложил ему считать себя пленником, пока вокруг не утихнет война. Герцог рассказал, как когда-то вместе с малолетним племянником Федериго Гонзага оказался заложником папы Юлия II, который потребовал от него ради получения свободы подчинения Феррары и Мантуи его власти.
— Зато благодаря тому «пленению», — весело закончил он свой рассказ, — я смог увидеть подлинное чудо в Сикстинской капелле и оценить силу вашего гения!
Пообещав, что заказанная «Леда» вскоре будет готова, Микеланджело проследовал дальше и вновь оказался в Венеции, которая притягивала к себе всех гонимых судьбой и нуждающихся в трудную минуту в убежище. Среди проживающих там флорентийцев он повстречал опального поэта Франческо Берни, чьи сатирические капитулы в терцинах имели широкое хождение в рукописных списках и ими зачитывались в литературных и художнических кругах. Он даже успел обменяться с ним мнением о положении дел во Флоренции. У Берни появилось немало подражателей, а его лёгкий стиль с присущим ему юмором и желчью получил в литературе название «бернеско». Большой известностью пользовался один из последних капитулов, полный сарказма, посвящённый восхождению на престол папы Адриана VI и начавшемуся при нём гонению на искусство, когда многие мастера были вынуждены покинуть Вечный город.