Е. С. Булгакова вспоминала и самые последние слова мужа: «…Он дал мне понять, что ему что-то нужно, что он чего-то хочет от меня. Я предлагала ему лекарство, питье — лимонный сок, но поняла ясно, что не в этом дело. Тогда я догадалась и спросила: „Твои вещи?“ Он кивнул с таким видом, что и „да“ и „нет“. Я сказала: „Мастер и Маргарита“? Он, страшно обрадованный, сделал знак головой, что „да, это“. И выдавил из себя два слова: „Чтобы знали, чтобы знали“».
6 марта 1940 года Елена Сергеевна зафиксировала в дневнике одни из последних осмысленных высказываний мужа: «16.00. Уснул. (Поцеловал и так заснул.) „Они думают, что я исчерпал… исчерпал уже себя?!“ (при Цейтлине, Арендте и Якове Леонтьевиче). Когда засыпал после их ухода: „Составь список… список, что я сделал… пусть знают…“ 12.30 ночи. Проснулся — в почти бессознательном состоянии… Потом стал очень возбужден, порывался идти куда-то… Часто выкрикивал: „Ой, маленький!!“… Был очень ласков, целовал много раз и крестил меня и себя — но уже неправильно, руки не слушаются. Потом стал засыпать и после нескольких минут сна стал говорить: „Красивые камни, серые красивые камни… Он в этих камнях (много раз повторял) (здесь — отражение сюжета пьесы „Ласточкино гнездо“, где „человек с трубкой“ (Сталин) разоблачает заговор руководителя карательных органов Ричарда (под которым подразумевается Генрих Ягода), подслушав его признания на даче в Ласточкином гнезде. —
Предчувствуя близкий конец, Булгаков захотел увидеть сестру Веру. 7 февраля 1940 года Лёля Булгакова по его просьбе отправила ей телеграмму: «Миша брат просит навестить. Лёля». Жить Булгакову оставалось месяц, и он хотел попрощаться с самыми близкими людьми. Последний раз Вера, по свидетельству сестры Нади, видела брата умирающим в ночь с 9 на 10 марта 1940 г. (Вера заехала за ней на автомобиле в эту последнюю ночь.) Так получилось, что сестры собрались вместе у Булгакова только накануне его кончины, хотя о встрече с ними он мечтал почти 20 лет, с тех пор как судьба раскидала семью из дома на Андреевском спуске в начале 20-х годов.
Незадолго до смерти Булгаков хотел видеть Тасю. Он чувствовал, наверное, что она его по-прежнему любила. Он не знал, что в 1933 году Тася встретилась с братом бывшего друга Булгакова Ивана Павловича Крешкова (с супругами Крешковыми они познакомились еще во Владикавказе) Александром, учившимся в Москве в мединституте, и в 1936 году уехала с ним в Сибирь, в город Черемхово Иркутской области, где А. П. Крешков работал педиатром.
Татьяна Николаевна вспоминала:
«Второй муж Крешков ревновал меня к Булгакову; порвал его рукописи, кричал — „Ты его до сих пор любишь!“… Однажды, когда я ездила к сестре, Крешков открыл стол и все, что было связано с Булгаковым, уничтожил. Документы, фотографии… все…
В 1940 году я должна была поехать в Москву в марте, но установилась ужасная погода, решила ехать в апреле. И вдруг мне Крешков газету показывает — Булгаков скончался. Приехала, пришла к Лёле. Она мне все рассказала, и что он меня звал перед смертью… Конечно, я пришла бы. Страшно переживала тогда. На могилу сходила. Потом мы собрались у Лёли. Надя, Вера была, Варя приехала. Елены Сергеевны не было. У нее с Надей какие-то трения происходили. Посидели, помянули. В стороне там маска его посмертная лежала, совершенно на него не похожа… Вот и все».
Умер Булгаков 10 марта 1940 года в 16 часов 39 минут. Как вспоминал С. А. Ермолинский, «на следующее утро, — а может быть, в тот же день, время сместилось в моей памяти, но кажется, на следующее утро — зазвонил телефон. Подошел я. Говорили из секретариата Сталина. Голос спросил:
— Правда ли, что умер товарищ Булгаков?
— Да, он умер.
Тот, кто говорил со мной, положил трубку».
А 16 января 1961 года Елена Сергеевна написала Н. А. Булгакову о последних днях и часах Михаила Афанасьевича: