Каким же человеком был отец, и какое влияние он мог оказать на будущего писателя? Профессор Булгаков за 20 лет службы в Академии не имел размолвок ни со студентами, ни с коллегами-преподавателями. В некрологе профессор В. П. Рыбинский писал: «Когда в Киеве несколько лет тому назад образовался кружок духовных и светских лиц, имевший целью обсуждение церковных вопросов и уяснение основ назревшей церковной реформы, Афанасий Иванович был одним из усерднейших членов этого кружка и принимал самое горячее участие в спорах». При этом «почивший профессор был очень далек от того поверхностного либерализма, который с легкостью все критикует и отрицает; но в то же время он был противником и того неумеренного консерватизма, который не умеет различить между вечным и временным, между буквой и духом и ведет к косности церковной жизни и церковных форм». В надгробной речи близкий друг Афанасия Ивановича Д. И. Богдашевский вспомнил беседу с ним незадолго до смерти: «Беседовали мы с тобою о разных явлениях современной жизни. Взор твой был такой ясный, спокойный, и в то же время такой глубокий, как бы испытующий. „Как хорошо было бы, — говорил ты, — если бы все было мирно! Как хорошо было бы!.. Нужно всячески содействовать миру“. И ныне Господь послал тебе полный мир… „Отпусти“, — вот последнее твое предсмертное слово своей горячо любящей тебя и горячо любимой тобой супруге. „Отпусти“!.. И ты отошел с миром! Ты мог сказать: „Ныне отпущаеши раба Твоего, Владыко, по глаголу Твоему с миром (Лук 2:29)“».
В этих словах можно усмотреть и один из многих источников награды, дарованной булгаковскому Мастеру. В «Белой гвардии» схожие слова произносит перед смертью мать Турбиных: «Дружно… живите». А в финале «Мастера и Маргариты» «кто-то отпускал на свободу Мастера, как сам он только что отпустил им созданного героя» — прощенного в ночь на воскресенье жестокого пятого прокуратора Иудеи всадника Понтия Пилата.
Воззрения Булгакова-старшего были близки идеям христианского социализма, высказывавшимся философом, публицистом и общественным деятелем С. Н. Булгаковым, с которым Афанасий Булгаков был знаком по созданному в марте 1905 г. Религиозно-философскому обществу памяти В. С. Соловьева. В деятельности этого общества, основанного С. Н. Булгаковым, Афанасий Иванович принимал активное участие вплоть до своей смертельной болезни. Его мысль о том, что Царство Божие не может носить земного, материального характера, представляла собой критику марксизма с его земным коммунистическим раем и была близка идеям С. Н. Булгакова и Н. А. Бердяева. Булгаков в «Мастере и Маргарите» идеальное царство истины и справедливости, о котором говорит Иешуа Га-Ноцри и которое достижимо лишь в надмирности, сравнивает с карикатурным осуществлением коммунистического идеала в современной ему Москве на примере обитателей «нехорошей квартиры», Дома Грибоедова и театра Варьете.
Под «истинно христианским смыслом» равенства, братства и свободы Афанасий Иванович подразумевал следующее место из Евангелия от Матфея: «А Я говорю вам: любите врагов ваших, благословляйте проклинающих вас, благотворите ненавидящим вас и молитесь за обижающих вас и гонящих вас, да будете сынами Отца вашего Небесного, ибо Он повелевает солнцу Своему восходить над злыми и добрыми и посылает дождь на праведных и неправедных. Ибо если вы будете любить любящих вас, какая вам награда? Не то же ли делают и мытари (сборщики податей)? А если вы приветствуете только братьев ваших, что особенного делаете? Не так же ли поступают и язычники? Итак, будьте совершенны, как совершенен Отец ваш Небесный» (Мф. 5:44–48). Эти слова — возможно, не без влияния статьи отца — явились для Булгакова источником проповеди Иешуа Га-Ноцри о том, что злых людей нет на свете и что все люди добрые, включая избивающего его Марка Крысобоя и предателя Иуду из Кириафа. Евангелист стал персонажем «Мастера и Маргариты» под именем Левия Матвея. Этот герой, однако, уподоблен мытарю из проповеди Христа (его прежняя профессия сборщика податей в романе подчеркивается). Матвей сохраняет ненависть к Иуде и лишь смягчается по отношению к Понтию Пилату, когда узнает, что прокуратор организовал убийство корыстолюбивого юноши из Кириафа. Булгаковский евангелист питает любовь только к любящему его Иешуа. В «Мастере и Маргарите» показано, что учение Иисуса Христа неизбежно будет толковаться мытарями и может стать источником не любви, а ненависти.