У Мастера много и других, самых неожиданных прототипов. Его портрет — «бритый, темноволосый, с острым носом, встревоженными глазами и со свешивающимся на лоб клоком волос» — выдает несомненное сходство с Гоголем. Ради этого Булгаков даже сделал Мастера при первом появлении бритым, хотя в дальнейшем несколько раз особо отметил, что у героя есть борода, которую ему в клинике подстригают дважды в день с помощью машинки (смертельно больной писатель не успел до конца отредактировать текст своего последнего романа). Обращенные к Мастеру слова Воланда: «А чем же вы будете жить?» — это парафраз известного высказывания поэта и журналиста Николая Некрасова, адресованного Гоголю и относящегося к 1848 году. Оно приведено в «Заметках и размышлениях Нового поэта о русской журналистике» известного литературного критика И.И.Панаева, издававшего совместно с Некрасовым этот знаменитый журнал: «Но надобно и на что-то жить». Сожжение же Мастером своего романа ориентировано не только на сожжение Булгаковым в марте 1930 года ранней редакции «Мастера и Маргариты», но и на сожжение Гоголем второго тома «Мертвых душ».
Слова Мастера о том, что «я, знаете ли, не выношу шума, возни, насилий» и что «в особенности ненавистен мне людской крик, будь то крик страдания, ярости или иной какой-нибудь крик», почти буквально воспроизводит сентенцию доктора Вагнера в «Фаусте» Гёте:
Монолог Мастера имеет ощутимые переклички и с выступлением Поэта в театральном прологе «Фауста»:
Здесь почти точно описан последний приют Мастера, где он наконец обретает желанный покой. Но приют Мастера создан не Божьей, а дьявольской рукою, хотя Воланд и действует по поручению Га-Ноцри. У Гёте не Фауст, а Вагнер сотворяет гомункула, Воланд же соблазняет этим Мастера. Если в отношениях с Воландом и в своей любви к Маргарите булгаковский герой повторяет Фауста, то его приверженность к гуманитарному знанию, замысел романа о Понтии Пилате и стремление создать гомункула роднит булгаковского героя с Вагнером, любителем книжной премудрости, а не опытного знания. Мастер в своем романе истину, по собственному признанию, «угадал», а не познал.
Финал судьбы Мастера полемичен по отношению к судьбе Фауста в поэме Гёте, где ангелы уносят в свет бессмертную сущность главного героя:
У Булгакова же Мастеру уготован только Лимб, пространство между Адом и Раем, где обитают души младенцев, умерших без крещения, и невольные грешники. В поэме ангелы с Фаустом Лимб минуют, устремляясь к райским высотам, где парят души невинных христианских блаженных младенцев:
Мастера, в отличие от Фауста, в последний скалистый приют несут не ангелы, а Воланд со своей свитой. У Гёте любовь меняет природу сатаны и заставляет его не препятствовать добру: