Императрица обошла его своим вниманием и наградами. Она приблизила к себе Г. Теплова, возведенного в действительные статские советники и получившего 20 тысяч рублей. Так же отмечен был И. Тауберт. А Ломоносов 12 лет оставался в одном чине. Об этом он написал прошение на высочайшее имя. Оно осталось без рассмотрения.
Новые неприятности (помимо болезней) ожидали его в следующем году. Граф Разумовский приказал ему передать Географический департамент историографу Миллеру, с которым Ломоносов вел резкий спор по поводу норманнского влияния на историю России.
В начале мая Екатерина II подписала указ об отставке Ломоносова. Он уехал из столицы в свое поместье Усть-Рудицы. Неожиданно императрица одумалась и отменила это распоряжение. Возможно, опасалась, что засилье немцев, ее соотечественников, в Академии наук станет слишком явным, а Ломоносов попал в немилость по причине своей национальной принадлежности.
Он вновь стал активно руководить Географическим департаментом. Написал «Краткое описание разных путешествий по Северным морям и показание возможного проходу Сибирским океаном в Восточную Индию».
Идея была одобрена. Он составил «Примерную инструкцию морским командующим офицерам, отправляющимся к поисканию пути на Восток Северным Сибирским океаном», предлагая снабдить суда новейшими научными приборами и обучить штурманов пользоваться ими.
Ломоносова вдохновила возможность воплотить в жизнь идею, которую он высказал в оде 1752 года:
…Если первая половина 1763 года была для Ломоносова несчастливой, то вторая стала ее противоположностью. В конце года его произвели в статские советники с годовым жалованьем 1875 рублей. В декабре он посвятил императрице самую протяженную свою оду в 32 строфы по 10 строк.
Сочинение это показывает, сколь мало интересовали его дворцовые интриги. Не раз упоминая имя сына Екатерины Павла, он не догадывался, что это ей вряд ли понравится. Встречаются в оде и нескладные вирши. Например, он говорит от имени Екатерины:
Иным становится его слог, когда речь идет о том, что его волнует:
Наука и просвещение в России оставались для Ломоносова безусловными приоритетами. «Я тому себя посвятил, — писал он, — чтоб до гроба с неприятелями наук российских бороться; стоял за то смолоду, в старости не покину!» Продолжал ратовать за новый регламент для университета.
В 1761 году по дороге в Петергоф, где хотел просить одобрить привилегии для Академии, написал он, в подражание Анакреонту, стихотворение:
У него по-прежнему остаются долги. И он по-прежнему вынужден просить не столько о милостях для себя, сколько об улучшении жизни русского народа и его просвещении, о процветании государства Российского. И по-прежнему ему удается претворить в жизнь лишь малую часть своих общественных начинаний.
В октябре 1763 года Ломоносова избирают почетным членом Петербургской Академии художеств. В марте следующего года он стал членом Болонской академии наук.