Царское избрание наталкивалось на множество препятствий. Едва члены собора принимались обсуждать конкретные кандидатуры, среди земских дворян вспыхивали яростные разногласия. Сподвижник Ляпунова Бутурлин четко объяснил шведам возникшую ситуацию. «Мы на опыте своем убедились, — сказал он, — что сама судьба Московии не благоволит к русскому по крови царю, который не в силах справиться с соперничеством бояр, так как никто из вельмож не согласится признать другого достойным высокого царского сана». Совет вынес постановление насчет возможного избрания шведского королевича. Но это вызвало негодование казаков и московского «черного» люда. Страна не успела избавиться от одного иноверца, как ей навязывали другого. Люди, много лет служившие под знаменами самозванцев, теперь не прочь были противопоставить шведскому еретику православного «царевича», находившегося под рукой в Коломне. Заруцкий исподтишка поддерживал их. Его не покидала надежда на то, что трон в конце концов достанется калужскому «царенку». Будучи любовником Марины Мнишек, атаман вполне мог рассчитывать на пост правителя при ее малолетнем сыне. Некогда удалой казак Ивашка Заруцкий женился на «девке», которая была ему ровней во всех отношениях. Получив бойрский чин, он стал подумывать о том, чтобы приискать себе знатную супругу. При первом же удобном случае Заруцкий порвал с опостылевшей женой и затворил ее в монастырь. Своего сына он тут же пристроил ко двору Марины Мнишек в Коломне. Недоброжелатели атамана пустили слух, будто он хочет жениться на Мнишек и вместе с нею занять трон.
Бояре и патриарх внимательно следили за всем, что происходило в недрах ополчения. Едва опальный Гермоген проведал об агитации Заруцкого в пользу «воренка», он немедленно разразился обличением. В грамоте к нижегородцам патриарх заклинал паству не желать на царство «проклятого паньина Маринкина сына» и отвергнуть его, если казаки выберут его на царство «своим произволом».
Ляпунов первым осознал необходимость объединения всех патриотических сил. Но ему не удалось преодолеть недоверие казаков, и он не сумел сплотить дворянский лагерь. Земская знать не скрывая выражала недовольство по поводу власти, доставшейся неродовитому думному дворянину. Как писал позже столичный летописец: «Ляпунов не по своей мере вознесся и гордость взял, много отцовским детям позору и бесчестья делал, не только боярским детям, но и самим боярам». Человек гордый и крутой, Ляпунов в самом деле не выказывал почтения к знати. Те, кто приходил к нему на прием, простаивали подле крыльца по многу часов, ожидая своей очереди.
Многие пункты конституции 30 июня решительно не удовлетворили родовитых дворян. Они будто бы составили заговор против Ляпунова. Другой заговор возник в казацком войске.
С первых дней осады Москвы земское правительство сталкивалось с большими трудностями, пытаясь наладить снабжение армии продовольствием. Казаки оказались в наихудшем положении после того, как власти запретили им самостоятельно заготовлять корм. В Подмосковье появились «разбои», грабившие население.
Воеводы пытались жестокими мерами пресечь грабежи. Воевода Плещеев приказал утопить 28 казаков, пойманных с поличным. Кто-то успел дать знать атаманам, и те отбили осужденных. Казаки собрали круг и опротестовали действия Плещеева.
Ляпунов неоднократно призывал в Разрядную избу Заруцкого и совещался с ним, как бы прекратить самочинные реквизиции. Попытка навести порядок вызвала недовольство казацкой вольницы.
Однажды в земский лагерь было привезено письмо, составленное от имени Ляпунова. Письмо предписывало городским властям ради пресечения разбоя хватать повсюду казаков-воров и побивать их на месте либо присылать под Москву. Когда содержание грамоты предали гласности, в таборах поднялась буря. Казаки спешно собрали круг и потребовали думного дворянина к ответу.
Созванный казачий круг признал Ляпунова виновным. Казаки зарубили главу земского правительства, следуя закону самосуда, без розыска и суда. Вслед за тем они бросились в ставку разнести в щепы Разрядную избу.
Известие об убийстве Ляпунова произвело тягостное впечатление на страну. Многие высказывали мысль, что воеводу погубили «начальники» ополчения, составившие заговор с казаками и подделавшие злополучную ляпуновскую грамоту. Одни называли в качестве главы заговора Ивана Шереметева, другие — Заруцкого. Очевидцы гибели Ляпунова были введены в заблуждение.
Правда раскрылась лишь после того, как за перо взялись сотоварищи Гонсевского. Один из них откровенно поведал миру, как Гонсевский, не имея сил одолеть ополчение в открытом бою, решил погубить отважного мужа Ляпунова обманным путем, натравив на него казаков. В распоряжении Гонсевского было много дьяков и писцов, и для них не представляло труда изготовить нужную грамоту насчет истребления всех «казаков-воров». Подпись Ляпунова на документе была ловко подделана. Доставить грамоту в таборы взялся некий атаман Сидорка, побратима которого Гонсевский велел выпустить из плена.