27 ноября 1807 года образован был комитет о духовных училищах в России, членом которого был назначен Сперанский. Общий план образования этих училищ и мысль об отнесении их содержания на свечной сбор принадлежат Сперанскому. Положение, им выработанное, было утверждено 26 июля 1808 года. 9 февраля 1809 года был им представлен и вскоре утвержден устав духовных академий.
18 августа 1808 года Сперанский был назначен в комитет по крестьянским делам Лифляндии, а в начале 1809 года ему было поручено ведение дел и устройство отношений только что присоединенной Финляндии. Прием и переговоры с финляндской депутацией о проектах первых организационных планов финляндской конституции были поручены Сперанскому и выполнены им же. 16 марта 1809 года был открыт Александром в Борго первый финляндский сейм. Известная историческая речь, которой сопровождалось это открытие, была написана Сперанским, как и речь 7 июля того же года, которой сейм был закрыт. Во все время совещаний сейма Сперанский был при Александре в Борго, и все учредительные мероприятия этого времени – дело его трудов, между прочим, учреждение финляндского сената. Финляндцы, в воздаяние его заслуг перед их страной, избрали его канцлером Абосского университета.
К этому же времени относятся два указа, изданные по инициативе Сперанского и произведшие сильное впечатление. 3 апреля 1809 года издан указ о придворных званиях, а 6 августа того же года – указ об экзаменах на чины. Первый указ был направлен против незаслуженно быстрого возвышения по службе молодых вельмож, а второй – против массы старослуживого, но мало образованного чиновничества. Экзамены, которые отныне требовались для получения чина коллежского асессора и статского советника, закрывая дорогу необразованному чиновничеству того времени, открывали более быструю карьеру образованному молодому меньшинству, с пути которого удалялись и вельможные сынки указом 3 апреля. Дело в том, что до этого указа с придворными званиями (камер-юнкер, камергер и так далее) соединялись и возведения в значительные чины, а эти чины, полученные не за службу, а за принадлежность к аристократии, открывали их обладателям и служебную карьеру сразу с высоких степеней. Несомненно, что оба указа, устраняя преимущество рождения и выдвигая преимущество образования, были и справедливы, и полезны, но несомненно также, что они должны были и действительно создали Сперанскому целые легионы сильных и озлобленных врагов. Многочисленное чиновничество, с одной стороны, а с другой – вельможная аристократия, дети которой затруднялись в своей карьере, были задеты указами в самых существенных интересах и, конечно, никогда не могли простить этих ударов нашему реформатору, которому уже с этих пор начали присваивать звание “опасного”.