По видимому, на следующий год Мелиссино привез в Петербург с группой учеников четырнадцатилетнего Д. И. Фонвизина, который рассказывает в своих воспоминаниях, что И. И. Шувалов, принимая их у себя дома, взяв его за руку, «подвел к человеку, которого вид обратил на себя мое почтительное внимание. То был бессмертный Ломоносов. Он спросил меня: чему я учился? — По латине, отвечал я. Тут начал он говорить о пользе Латинского языка с великим, правду сказать, красноречием».
Ломоносов следил за судьбой своего детища, принимал близко к сердцу всё, что происходило в университете, радовался его первым успехам, боролся за его прогрессивные начала.
Правящая придворная верхушка во главе с Шуваловым настойчиво стремилась придать университету дворянский характер. Главное внимание было обращено на изучение иностранных языков, поставленное образцово. В гимназии и университете проходили не только латынь, но и греческий язык. Из новых языков преподавались французский, немецкий, английский, итальянский. Вводились такие предметы, как фехтование, нумизматика и герольдика.
Делались попытки приспособить гимназию для разночинцев к различным художествам и ремеслам и, таким образом, не допустить, чтобы они заполняли университет. 6 ноября 1757 года было объявлено об учреждении при университете Академии художеств. 24 воспитанника разночинной гимназии определены были для художеств. Их обучали, кого пению, кого рисованию, кого инструментальной музыке, кого «механическим искусствам» и немного языкам. Вскоре восемнадцать студентов составили труппу Московского театра, состоявшего первое время при университете. Из этой же гимназии вышли знаменитый архитектор Баженов и актер Плавильщиков, впоследствии страстный поклонник поэзии Ломоносова.
Но эти меры не отвели поток разночинцев от университета. Дворянство не смогло оттеснить разночинцев, и в Московском университете возобладали ломоносовские демократические традиции. Университет стал рассадником передовых идей, оплотом прогрессивных сил, нараставших в стране.
В университет с самого начала пришли люди ломоносовского покроя и ломоносовского понимания задач науки. Первыми русскими профессорами стали Антон Барсов, преподававший математику, и Николай Поповский, занявший кафедру красноречия и поэзии. С первых же шагов своих в университете Поповский показал себя человеком, беззаветно преданным идеям Ломоносова.
Как и Ломоносов, он верит в творческие силы русского народа. В своей речи 26 апреля 1756 года Н. Поповский предрекает великое будущее Московскому университету, откуда скоро произойдут «судии, правду от клеветы отделяющие, полководцы, на море и на земле спокойство своего отечества утверждающие». И почти ломоносовскими словами он говорит об университете, что здесь скоро процветут «мужи, закрытые Натуры таинства открывающие».