Тауберт «надежно» обосновал свои действия. Новый дом оказался необходим для помещения «магазейнов типографских и книжной лавки, для кунсткамерских служителей, для типографских факторов и наборщиков, для квартиры нововыписанному грыдоровальщику, для анатомического театра и для профессора анатомии, для профессора астрономии, для помещения рисовальных учеников». И Ломоносову пришлось разбивать эти доводы, доказывая, что под типографию и книжную лавку заняты «знатная часть академических палат и два целые каменные дома… в коих многие покои под себя занял советник Тауберт», что «анатомический театр должен быть не в жилом доме, ибо кто будет охотно жить с мертвецами и сносить скверный запах», особенно астроному не будут приятны эти мертвецы, «когда занадобится ему идти в ночь на обсерваторию». «Из всего сего очевидно явствует, что сия покупка учинена и дом оторван от Университета и гимназии не из важных резонов, но ради утеснения наук и препятствования Ломоносову в распространении наук».
Ломоносову удалось с боем занять спорный дом под гимназию и университет.
Заботы Ломоносова об академическом университете начались задолго до того, как он получил его в свое ведение. Он уже давно с негодованием наблюдал, в каком плачевном положении находится подготовка русских ученых в Академии наук. Лекции читались весьма нерегулярно. Число студентов было незначительно, и они находились в очень тяжелых условиях. Еще в марте 1746 года Ломоносов предпринимает шаги к тому, чтобы оживить университет. Он вносит в академическую Конференцию предложение обратиться в Сенат с просьбой направить из Невской и Новгородской семинарий способных студентов для обучения в Академии наук.
Ровно через два года, после долгой переписки и волокиты, В. К. Тредиаковский был отправлен в Москву и Новгород для выбора наиболее достойных учеников. Девятнадцать отобранных им кандидатов прибыли в Петербург, где их свидетельствовали в науках профессора Ломоносов, Браун и Фишер. Семнадцать из них, по мнению экзаминаторов, оказались настолько хорошо подготовлены, что «на академические лекции о чистоте штиля, здравейшей философии и математики допущены быть могут». Двоих же — Василия Клементьева и Андреяна Дубровского — решено было определить в гимназию для лучшего обучения латыни, 6 апреля Ломоносов и Браун экзаменовали учеников из классов риторики и пиитики Невской семинарии и отобрали в академическую гимназию шесть человек, среди которых был будущий академик Румовский, которому тогда было едва двенадцать лет.
Стремясь обеспечить подготовку студентов к научной работе, Ломоносов при обсуждении университетского регламента в конце 1748 года предлагал: «Студентов разделить на три класса: первого класса студенты ходят на все лекции для того, чтобы иметь понятие о всех науках, и чтобы всяк мог видеть, к какой кто науке больше способен и охоту имеет. Второго класса студенты ходить должны на лекции только того класса, в котором их наука. Третьего класса студенты те, которые определены уже к одному профессору и упражняются в одной науке».
Русская академическая молодежь получила пополнение. Но учебная работа велась по прежнему плохо. В своей «Истории Академической канцелярии» Ломоносов приводит характерный случай, происшедший незадолго до того, как он получил в свое заведывание университет. Профессорская кафедра, за которой обычно читались лекции, находилась в академических палатах. Лекции эти в то время читал, как пишет Ломоносов, «по большей части профессор Браун, которого всегдашнее старание о научении Российских студентов и при том честная совесть особливой похвалы достойна».
Тауберт, даже не спросив мнения других членов канцелярии, распорядился вынести вон кафедру из Академии, что, по видимому, вызвало Ломоносова на весьма энергичные действия, так как он пишет, что, если бы не его старания, «то бы лекции тогда пресеклись».
Получив в свое ведение университет, Ломоносов прежде всего разрабатывает твердые учебные планы по каждому предмету и при том на несколько лет вперед. В «Росписи» своих трудов, представленных им в 1764 году М. И. Воронцову, Ломоносов особенно подчеркивает, что до него «Академический университет был в весьма худом состоянии. Студентов было весьма малое число, и те без всякого призрения и порядочного содержания. Лекции были так запущены чрез несколько лет, что и каталоги не были издаваны, как водится», «а по вручению ему, Ломоносову, в единственное смотрение университета» он не только соединил «студентов в общежитие, снабдил довольным столом и протчими надобностями», но и «учредил порядочные лекции и издавал их каталоги, как в университетах водится».