Шумахер, разгневанный этим «бунтом», учинил строжайшее следствие. Трусоватый Яков Несмеянов, отделившийся от студентов и не подписавший прошения в Сенат, подтвердил на допросе, что Шишкарев бранил немцев. 17 ноября по приказу Шумахера главные зачинщики Шишкарев и Чадов были немилосердно «биты батожьем», а на другой день, 18 ноября, академик Байер должен был всех провинившихся учеников «порознь свидетельствовать» в науках.
Сухой и чопорный Байер, который почти не знал русского языка, проявил большую строгость к испытуемым. О семнадцатилетних Алексее Барсове (ставшем потом профессором Московского университета), будущем астрономе Никите Попове и Михаиле Гаврилове Байер писал, что от них «о дальнейшем успехе в науках никакой надежды иметь не можно», так как они «в такие свои годы грамматического фундамента (в латинском языке. —
Очевидно, Байер, раздраженный самоуправством Шумахера, решил выгородить главного виновника «бунта», пришедшего к нему на экзамен с изуродованной спиной и все же поразившего его своими способностями и рвением к науке.
Молодых москвичей обучали по программе академической гимназии математике, риторике, истории, географии, латинскому и немецкому языкам и танцам. Занятия проводились ежедневно. Ломоносов предавался им с огромным усердием.
По словам первой академической биографии, он слушал «начальные основания философии и математики и прилежал к тому с крайней охотою». Академик Крафт слыл искусным лектором. Свои занятия он строил на демонстрации различных опытов. Он непрестанно входил в Академию с ходатайствами, чтобы получить для преподавания «новоизобретенные инструменты физические».
В последние годы он с гордостью заявлял, что его стараниями «корпус здешних физических инструментов» стал «значительнейшим во всей Европе».
Ломоносов спешил проверить и углубить отрывочные знания, приобретенные им в Москве. Он набросился с жадностью на книги, и если ему, по-видимому, не пришлось воспользоваться академической библиотекой, куда не пускали студентов, то он мог вволю читать последние новинки в академической книжной лавке, что дозволялось каждому ее посетителю.
Для формирования научного мировоззрения Ломоносова имели значение не только новые сведения и идеи, которые первыми вошли в круг его интересов, но и то общее устремление русского естествознания, которое наметилось в его время и должно было неминуемо захватить любознательного ученика Спасских школ. Прежде всего, это вопросы устройства вселенной и жизни на Земле, принимавшие в то время острый общественный характер.
Отличительной чертой Ломоносова была способность быстро схватывать и постигать основные идеи различных научных воззрений, с которыми ему приходилось сталкиваться. Схоластическая школа приучила его к строгой последовательности суждений.
Теперь эта последовательность была направлена против самой схоластики.
Ломоносов уяснил себе необходимость нового научного мировоззрения. Большое значение имело для него знакомство со взглядами французского физика и философа Рене Декарта (1596–1650), которого на латинский лад именовали Ренатом Картезием. Те немногие источники научного знания, с какими он мог столкнуться в Москве, содержали картезианские воззрения. Картезианская наука о природе встретила его и в Петербурге.