Плодотворная педагогическая и просветительная деятельность Головина продолжалась всего несколько лет. Изнуренный непосильными трудами, измученный преследованиями и житейскими невзгодами, Михаил Евсеевич Головин 8 июня 1790 года умер от «злокачественной лихорадки» тридцати четырех лет от роду.
Старость Ломоносова была тягостна и беспокойна.
Пухли ноги с болезненно раздувшимися венами. Ломоносов ходил теперь с палочкой. Он стал грузен и одутловат. Лицо, смолоду румяное и толстощекое, осунулось и отдавало желтизной. Толстые губы складывались в страдальческую усмешку. Эту застывшую полупрезрительную улыбку оскорбленного человека запечатлел на мраморном бюсте Ломоносова Федот Шубин. Ломоносов проболел почти весь 1762 год. Но когда, несколько поправившись, 28 января 1763 года он приехал в первый раз в Академию, его встретил Тауберт и с язвительной вежливостью «словесно» объявил ему, что по распоряжению Разумовского он отстранен от заведывания Географическим департаментом. Когда же Ломоносов потребовал объяснений, ему было предъявлено повеление президента, в котором говорилось, что «от Географического Департамента уже несколько лет почти ничего нового к поправлению Российской географии на свет не произведено», а происходит это оттого, что работающие в нем «один другому только всякие препятствия делают и время единственно в спорах препровождают». А посему президент поручает «до усмотрения впредь» начальствовать над делами департамента Герарду Миллеру, «яко историографу».
В этом распоряжении Разумовского не упоминается даже имени Ломоносова. На свет было извлечено старое положение, по которому историограф Академии наук ведал и Географическим департаментом. Ломоносов, таким образом, как бы был упразднен.
О том, как угнетен был Ломоносов этой черной несправедливостью, свидетельствует его письмо к графу М. И. Воронцову, которого он был вынужден просить о заступничестве. «Претерпеваю гонение от иноплеменников в своем Отечестве, о коего пользе и славе ревностное мое старание довольно известно», — писал Ломоносов.
Распоряжение Разумовского было подписано 31 августа прошедшего года. Ломоносов был возмущен до глубины души. Он отказался подчиниться приказу, который «уже полгода просрочен», из чего видно, что ордер «потребован хитростию для некоторых приватных намерений».
Ломоносов отлично понимал, что это проделки Тауберта, искушенного в канцелярских интригах. Впоследствии в составленной им «Истории Академической канцелярии» Ломоносов объяснил эту темную махинацию. Во время его тяжкой болезни Тауберт «выпросил у президента такой ордер в запас, что, ежели Ломоносов не умрет, то оной ордер произвести, чтоб Миллер мог в географическом деле Ломоносову быть соперник; ежели умрет, то бы оно уничтожить, дабы Миллеру не дать случая себя рекомендовать географическими делами. Оба они тогда друзья, когда надобно нападать на Ломоносова, в протчем крайние между собой неприятели».
Ломоносов горячо протестует против взведенной на него напраслины. Он пишет подробное объяснение в академическую канцелярию и подробную докладную записку Разумовскому. Он сообщает, что за время его управления Географическим департаментом «сочинено девять российских ландкарт» к новому атласу, что именно его «хождением» выхлопотаны сенатские указы о присылке необходимых сведений и запросы разосланы по всем городам, так что «четыре тома ответов собрано и уже на половину государства имеет обстоятельную топографию». При этом Ломоносов не забывает указать на различные «оттяжки» и препятствия, которые ему чинили в Академии, так что «остановка к печатанию давно уже сочиненных карт» происходила отнюдь не по его вине. А «в рассуждении обучения Российских геодезистов столько было отговорок и отволочек, того перечесть нельзя». В заключение Ломоносов с болью пишет: «вместо награждения за неусыпное мое о Географическом Департаменте старание… вижу себе горестное наказание».