Шведы овладели внешними крепостными стенами города на Софийской стороне. Они добились успеха, но до победы им было еще далеко. Русские боевые знамена реяли над стенами кремля, неприступной цитадели в центре города. Замок обладал несравненно более мощной системой укреплений, нежели внешний город. Он был окружен глубоким рвом и подъемными мостами. Его высокие башни и стены были снабжены множеством пушек. Кремль господствовал над всем городом. Штурмовать его без осадной артиллерии было безумием. Однако новгородская цитадель оказалась абсолютно не подготовленной к осаде. Шведы были буквально ошеломлены, когда несколько позже они обшарили весь кремль и не нашли там даже малых запасов провианта и пороха.
Новгородцы допустили роковой просчет в оценке сил противника. Они помнили о клушинском поражении Делагарди, когда его армия была наголову разгромлена поляками. Они не забыли о том, что Делагарди полгода осаждал Корелу и потерпел двукратную неудачу под стенами Орешка. У шведского генерала не было ни достаточного количества пушек, ни достаточного числа солдат. Русское командование не сомневалось в том, что врагу не удастся прорвать городские укрепления. Неоправданная самоуверенность сменилась паникой и растерянностью, когда шведы в течение дня овладели внешним оборонительным поясом.
Князь Одоевский созвал военный совет в осажденном кремле. Донесения дьяков и воевод обнаружили неутешительную картину. После боя много ратников отступило в кремль. Еще больше тут собралось мирных жителей, спасавшихся от врагов. Кормить их было нечем. Кремлевские житницы пустовали. Молчали крепостные орудия из-за того, что не было пороха.
Под влиянием панических настроений военный совет вынес решение о прекращении борьбы и призвании на «Новгородское государство» шведского принца. После многократных совещаний с митрополитом Исидором, дворянами и лучшими людьми главный воевода князь Одоевский выслал к шведам своего представителя и объявил им о принятом новгородцами решении. Делагарди ввел в неприступную цитадель полк королевской лейб-гвардии.
За две недели до падения Новгорода туда прибыл гонец из-под Москвы. Он привез грамоту земского ополчения относительно продолжения переговоров со шведами и условий избрания на царство шведского принца. Новгородский митрополит Исидор и воеводы пытались использовать этот факт для оправдания своих действий. Они утверждали, будто подписали соглашение относительно избрания в цари шведского принца, следуя воле всей земли. Однако их оправдания не заслуживали доверия.
Приговор подмосковного Земского собора попал в руки к шведам, и они сделали его дословный перевод. «Все чины Московского государства, – значилось в этом переводе, – признали старшего сына короля Карла IX достойным избрания великим князем и государем Московской земли». Признание шведского принца достойным кандидатом в цари конечно же не было равнозначно его избранию.
Заключая соглашение с Делагарди, новгородские верхи взяли на себя инициативу и ответственность за провозглашение шведского претендента русским царем. Главный пункт новгородско-шведского договора гласил: «Митрополит Исидор и священный собор, боярин князь Одоевский, воеводы, князья, бояре, купцы, крестьяне избрали шведского принца в цари и великие князья над Новгородским княжеством, а также над Владимирским и Московским, если последние пожелают присоединиться к Новгородскому княжеству». Образованное под эгидой безымянного шведского принца «Новгородское государство» фактически отделилось от России. Номинальным главой «государства» стал потомок удельных князей боярин князь Одоевский. Правители Новгородского княжества знали о близившейся решающей битве за освобождение Москвы. Но они и не подумали включить в договор со шведами пункт о посылке вспомогательного войска на помощь земским людям. Фактически Новгород порвал с земским освободительным движением.
Одоевский сдал кремль, не получив от шведов никаких гарантий территориальной целостности «Новгородского государства». Более того, его правительство предало города, которые с оружием в руках продолжали борьбу с иноземными захватчиками.
Земский отряд Бутурлина отступил с Торговой стороны на Бронницу и попытался продолжать борьбу. В ответ на призыв воевод в их лагерь стали стекаться уездные дворяне и ратные люди. Однако когда Одоевский пообещал, что под властью шведского «царя» все помещики сохранят в неприкосновенности свои земли, те покинули Бутурлина один за другим и вместе с новгородцами принесли присягу безымянному шведскому претенденту. Покинутый дворянами, Бутурлин ушел к Москве.
Карлу IX не довелось насладиться плодами своего успеха. Он прожил три месяца после покорения Новгорода. Шведский трон перешел к его наследнику – семнадцатилетнему Густаву Адольфу. Сын продолжал двуличную политику отца в отношении России. Заявляя повсюду о своем миролюбии и заботе о благе русских, Густав Адольф вел дело к расчленению России и закреплению за Швецией Новгорода и Пскова.