Ляпунов первым осознал необходимость объединения всех патриотических сил. Его имя стало олицетворением национального единства. Но ему не удалось преодолеть недоверие казаков, и он не сумел сплотить дворянский лагерь. Земская знать, не скрывая, выражала недовольство по поводу власти, доставшейся неродовитому думному дворянину. Как писал позже столичный летописец, «Ляпунов не по своей мере вознесся и гордость взял, много отцовским детям позору и бесчестья делал, не только боярским детям, но и самим боярам». Человек гордый и крутой, Ляпунов в самом деле не выказывал почтения к знати. Те, кто приходил к нему на прием, простаивали подле крыльца по многу часов, ожидая своей очереди.
Многие пункты конституции 30 июня решительно не удовлетворили родовитых дворян. Не желая мириться со своим поражением на Земском соборе, они составили заговор с целью свержения Ляпунова. Осведомленные современники говорили об этом с полной категоричностью. Князь Дмитрий Пожарский писал, что Ляпунов был убит «по Иванову заводу Шереметева». По некоторым известиям, в сговоре с Шереметевым были тушинцы Григорий Шаховской, Иван Засекин и Иван Плещеев. Этих людей хорошо знали в казачьих таборах. К их голосу прислушивались. Заговорщики использовали свое влияние, чтобы расправиться с Ляпуновым чужими руками.
С первых дней осады Москвы земское правительство сталкивалось с большими трудностями, пытаясь наладить снабжение армии продовольствием. Подмосковье было разорено дотла, и найти провиант оказалось делом хлопотным. Каждый воевода обеспечивал свой отряд как мог. Ляпунов посылал дворян на воеводство в города и местечки. Заруцкий ставил казаков для прокорма («на приставства») в черные и дворцовые волости. Совет земли поручил триумвирам организовать регулярный сбор кормов. Казачьи атаманы получили приказ свести своих людей с кормлений. Сбор провианта в волостях возлагался на «добрых дворян».
Богатые дворяне получали продовольствие из своих поместий. Бедные служилые люди потуже затягивали пояса, когда происходила заминка с подвозом хлеба. Казаки оказались в наихудшем положении после того, как власти запретили им самостоятельно заготовлять корм. В Подмосковье появились «разбои». Течение, увлекая мощный водяной поток, поднимает со дна ил. Нечто подобное наблюдалось и в земском движении. Казаки грабили население. «Разбои» наносили огромный ущерб земскому ополчению. Шедшие из провинции обозы не доходили до места назначения. Шайки разбойников захватывали их в пути.
Воеводы пытались жестокими мерами пресечь грабежи. Тушинский боярин Матвей Плещеев, расположившийся с отрядом в Николо-Угрешском монастыре, приказал утопить 28 казаков, пойманных с поличным. Кто-то успел дать знать атаманам, и те отбили осужденных на казнь. Казаки собрали круг и опротестовали действия Плещеева. По их инициативе Земский собор строго-настрого запретил воеводам казнить кого бы то ни было без приговора всей земли.
Ляпунов неоднократно призывал в Разрядную избу Заруцкого и Просовецкого и совещался с ними, как бы прекратить самочинные реквизиции. Атаманы много раз собирали войсковой круг и наконец заручились приговором насчет прекращения грабежей и самовольных поездок в села. Земское руководство без труда навело бы порядок в полках, если бы ему удалось наладить правильное снабжение. Но эта задача так и не была решена. В отчаянии Ляпунов грозил местным властям, что отступится «от земского промысла», если не прекратится общая неразбериха. Но его слова мало на кого действовали. Вскоре земские воеводы официально известили провинцию о том, что служилые люди, стрельцы и казаки непрестанно бьют им челом о денежном жалованье и корме, «а дать им нечего». К июлю положение дел приобрело столь дурной оборот, что глава Троице-Сергиева монастыря по просьбе воевод обратился к городам с отчаянным призывом. Помогите ополчению людьми и казной, писали монахи, чтобы ныне собранное под Москвой православное воинство «скудости ради не разошлося».
Нехватка продовольствия и нужда усилили брожение в таборах. Ляпунов энергично преследовал самочинные реквизиции, но снабжение армии не улучшалось. Трудностями ополчения решили воспользоваться враги Ляпунова.