С началом Великой Отечественной войны в силу сложившейся необходимости произошло определенное сворачивание лагерной системы. Мобилизация всех материальных ресурсов на обеспечение нужд армии потребовала прекращения выполнения многих проектов, в первую очередь крупных, долговременных, требовавших привлечения большой массы заключенных. Сразу же с началом боевых действий были остановлены все гидростроительные работы, строительство заводов по производству алюминия в европейской части страны, автодорожное строительство, законсервирована прокладка БАМа и прекращены работы еще на 60 объектах, обеспечивавшихся НКВД.
В связи с катастрофическими потерями на фронте уже в первые месяцы войны из мест заключения досрочно освободили 420 тысяч человек и призвали их в Красную Армию. Дефицит рабочих рук в лагерях и колониях первоначально попытались компенсировать увеличением продолжительности рабочей недели и норм выработки. Одновременно с этим значительно ухудшились условия содержания и питания заключенных. В результате в лагерях и колониях резко возросла смертность. В связи с этим 1942 год явился в отношении безвозвратных потерь наиболее трудным годом войны: в глубоком тылу погибли почти четверть миллиона заключенных [37].
Серьезный кризис с началом войны постиг золотодобывающий Дальстрой, производство которого не представлялось возможным останавливать. В 1941 и 1942 годах из Севвостлага освобождали почти по 30 тысяч человек, отправлявшихся в основном в действующую армию. Взамен прислали чуть больше 12 тысяч новых заключенных. Поставки всех видов снабжения, включая продовольствие, значительно сократились. В результате в полярной тундре за эти два года умерли более 30 тысяч заключенных. В таких условиях выполнение планов по добыче золота и олова явилось чрезвычайно трудным делом. Однако, несмотря на все невзгоды, поставки по золоту удалось сохранить на достаточно высоком уровне, а извлечение олова даже увеличить. Положение спасло то обстоятельство, что, начиная с 1942 года, этот северный край во многом стал снабжаться за счет поставок по ленд-лизу из Соединенных Штатов Америки. Пароходами Дальстроя от нашего союзника по антигитлеровской коалиции завезли через только что отстроенный порт в Находке бульдозеры, взрывчатые вещества, жидкое топливо и часть продовольствия [34].
В связи с большими потерями на фронте необходимо было изыскивать людские резервы для Красной Армии. С конца 1941 года в составе Наркомата внутренних дел появились спецлагеря, позднее названные Проверочно-фильтрационными (ПФЛ). Они предназначались для содержания лиц, проходивших проверку после пребывания на оккупированной немцами территории. По данным ГУЛАГа, через сеть этих лагерей к 1945 году прошли около одного миллиона человек, из них от 7 до 10 % были арестованы как пособники врагу или завербованные немецкой разведкой.