На Калининском фронте С.Ф.Долгушин сбил 6 самолетов. Боевая работа и отношения с начальством складывались неплохо, что не всегда бывает, но в начале мая 1943 г. появился приказ, подписанный Верховным Главнокомандующим, о снятии В.И.Сталина с должности командира полка и переводе В.П.Бабкова и С.Ф.Долгушина в другую часть. Причиной послужили далекие от фронтовой жизни прегрешения Василия, к которым ни Бабков, ни Долгушин отношения не имели. Так 5 июля 1943 г. Сергей возвратился в 180 иап. ставший теперь 30 гвардейским. Освоив новую для себя "Аэрокобру", он в качестве помощника командира полка принял участие в боях под Курском и сбил два самолета.
Через два месяца, в сентябре 1943 г., С.Ф.Долгушин был отозван в Москву и назначен командиром 156 иап, которым и командовал до осени 1946 г. Полк переучивался в Сейме под Горьким с ЛаГГов на Ла-5. Получив Ла-5 и Ла-5ФН. перелетел в начале ноября на аэродром Агибалово и вошел в состав 215 иад (командир М.Н.Якушин) 8 иак (командир А.С.Осипенко). Еще несколько месяцев корпус не вводили в бои. и лишь 20 июня 1944 г. его полки перебазировались в Белоруссию в 16 воздушную армию и участвовали в Бобруйской операции. После нее до конца войны корпус воевал в 4 воздушной армии. 156 иап в основном занимался прикрытием танковых и кавалерийских соединений, меньше – сопровождением. Участвовал в освобождении Белоруссии, Польши и закончил бои в Северной Германии. За время командования С.Ф.Долгушина полк получил почетное наименование Эльбингский и был награжден орденом Суворова III степени. В феврале 1945 г. летчик сделал вынужденную посадку на своей территории, поскольку над Данцигом мотор его Ла-7 разбила зенитка. Командир полка продолжал летать, но менее интенсивно. чем в начале войны. Превосходство перешло к советской авиации, да и личное участие в боях командиров такого уровня в конце войны отнюдь не приветствовалось. Свой последний боевой вылет подполковник Долгушин совершил 6 мая 1945 г.
После победы С.Ф.Долгушин продолжал командовать 156 полком, переведенным в 229 иад. В 1946-47 гг. учился на Высших летно-тактических курсах в Липецке и до 1949 г. командовал там полком, вооруженным Як-3, Як-9П и Ла-9. С 1949 г. – командир 196 иап, затем – 32 гв.иап, входивших в "парадную" дивизию в Кубинке. 196 полк переходил с Ла-15 на МиГ-15, 32-ий – имел их на вооружении. С 1951 г. – командир бомбардировочной дивизии в Калинине, начинавшей при нем осваивать Ил-28. Прошел ряд должностей вплоть до заместителя командующего воздушной армией. С 1967 г. – генерал-лейтенант авиации. Летал до 1970 г. Последние годы службы – начальник кафедры ВВИА им,Жуковского. В 1976 г. ушел в запас. Генерал- лейтенант авиации С.Ф.Долгушин награжден орденами: двумя Ленина, четырьмя Красного Знамени. Александра Невского, двумя Отечественной войны I степени, двумя Красной Звезды, "За службу Родине в Вооруженных Силах" 3-й степени.
Самолеты С.Ф.Долгушина.