Один из соратников В.Д. Набокова по партии (Максим Винавер) вспоминал, что время Первой Думы было, конечно, самым счастливым периодом в деятельности Владимира Дмитриевича Набокова. Он не желал ограничиваться кабинетной работой, но он не годился и для митингов. Ему нужна была интеллигентная аудитория, способная оценить ясность мысли, точность выражения, иронию, великолепие русского языка, блеск формулировок. Такую аудиторию он получил в Первой Думе и стал одним из ведущих ее ораторов.
Последние месяцы работы Первой Думы отмечены были некоторым спадом, хотя Набокову и приходилось еще иногда выступать. Он выступил против еврейских погромов и в защиту закона, запрещающего смертную казнь (закон этот был принят Думой). Борьба против смертной казни проходит через всю жизнь В.Д. Набокова: его последняя статья, написанная по-английски и отданная в журнал накануне гибели, тоже была посвящена этой проблеме.
Министр финансов Коковцов вспоминает в мемуарах, что император Николай II показывал ему список «министрабельных», с точки зрения его окружения, лиц, и в списке этом, где большинство составляли члены кадетской партии, против графы «министр юстиции» стояло имя Набокова. Список был составлен умеренным октябристом и представлен царю Треповым. Царь не мог ни на что решиться, а когда газета «Таймс» (со слов Трепова) предала этот список гласности, царь вернул его Трепову. Можно только гадать (а сейчас, вероятно, самое время для таких гаданий), как повернулись бы события, если б у правительства еще в ту пору появилось либеральное министерство…
Когда в июле 1906 года правительство в нарушение конституции распустило Первую Думу, В.Д. Набоков вместе с двумя сотнями депутатов отправился в Выборг протестовать против роспуска Думы.
Гессен не без удивления вспоминает, как провожал бунтаря Набокова в Финляндию: первым пришел к поезду камердинер Владимира Дмитриевича, принес сельтерскую воду и корзину с фруктами от Елисеева, поставил на столик фотографию Елены, навел порядок в купе…
Из Выборга депутаты обратились к населению страны с призывом отказаться от уплаты налогов и прохождения воинской повинности в знак протеста против роспуска Думы. Как и все, кто поставил подпись под этим, так называемым «Выборгским воззванием», — а В.Д. Набоков был к тому же одним из его авторов, — он был привлечен к суду и лишен права баллотироваться на выборах во Вторую Думу.
«Похоже, что все наши труды за последние два года похоронены, — писал тогда В. Д. Набоков брату Константину, — и надо все начинать сначала. Мы оглушены этим тяжелым ударом и еще не можем от него оправиться».
В конце июля черносотенцами был убит кадетский депутат Герценштейн. В августе Набоковы вдруг отправились в Голландию, а по дороге заехали в Брюссель, где находился в это время К.Д. Набоков. Елена Ивановна нервничала, так как причины их внезапного отъезда были ей неизвестны. По всей вероятности, их не узнал и В.В. Набоков. Объяснения событиям того лета Б. Бойд обнаружил недавно в письме К.Д. Набокова (от 23 августа 1906 года) к его знакомому Доналду Несбиту. К.Д. Набоков пишет, что Герценштейн был первым из шести депутатов, обреченных черносотенцами на смерть, следующим в списке шел В.Д. Набоков. «Его друзья, узнавшие об этом, убедили его покинуть Россию на некоторое время», — пишет К.Д. Набоков.
12 декабря 1907 года начался суд над депутатами, подписавшими «Выборгское воззвание». Адвокат В.Д. Набокова О.О. Грузенберг вспоминал, что Набоков держался с абсолютным «спокойствием и, хотя был непроницаем, не скрывал своего презрения к судьям».
В.Д. Набоков был приговорен к трем месяцам одиночного заключения и препровожден в петербургскую тюрьму «Кресты». Письма, которые он писал жене из тюремной камеры (он писал их на туалетной бумаге и передавал через своего друга Августа Исаковича Каменку), были спустя почти шестьдесят лет опубликованы его сыном в американском альманахе «Воздушные пути». Было бы жаль не привести хоть несколько отрывков из этих писем.