Церковь Ирландии напоминала плот, плывущий по воле волн во враждебном море. Она не пользовалась поддержкой всех поселенцев, которые, особенно в Ольстере, склонялись к принятию учения Кальвина, направленного против епископата. Церкви повезло с ее главой, архиепископом Джеймсом Ашером. Это был «высокий, почтенного вида и приятной наружности человек». У него был сильный, несгибаемый характер, он был трудолюбив и аскетичен, прост в общении. Его протестантское мировоззрение основывалось на высокой эрудиции, глубоких знаниях и было согрето, невидимо для всех, жаром его сердца. Лод, не ладивший с ним, уважал его за истинное понимание Ирландии и за честность. Он никогда не противоречил ему при назначении новых епископов и не выступал против его политики. И ирландской церкви было позволено сохранить свой протестантский характер.
В Ольстере равнинные шотландцы, которые переселились за последнюю четверть века, были явными кальвинистами, часто создавая этим проблемы своим епископам. Неповиновение духовной власти, ни при каких обстоятельствах, невозможно было терпеть и дальше. Архиепископ Ашер хотя и неохотно, но поддержал решение лорда-наместника Уэнтворта призвать непокорный клир к порядку. Часть наиболее упорствующих клириков были изгнаны из своих приходов, и они были вынуждены покинуть страну. Епископы Дауна и Дерри были наиболее последовательны в проведении этой политики.
Некоторые изгнанные шотландские клирики отплыли в Новую Англию, но встречные ветры прибили их обратно к берегам Эршира, где к ним присоединились другие беглецы, принужденные покинуть Ирландию. Их отчаянное положение тронуло сердца местных жителей, преимущественно женщин, и домашние хозяйки отправились в Эдинбург, чтобы добиться для беженцев помощи. Когда королевские советники попытались пройти мимо делегации женщин, их представительница своей мускулистой рукой схватила за рукав самого главного из них и твердо произнесла: «Остановитесь, мой господин, во имя Христа, я должна поговорить с вами».
Большинство королевских советников в Шотландии были склонны пойти на уступки кальвинистам, насколько это было возможным, поскольку ситуация в церкви, осложненная экономическими проблемами, была более критической, чем в других королевствах. За семьдесят лет до этого Шотландия стала ареной насильственной кальвинистской Реформации. Обостренные отношения между католиками и кальвинистами еще больше усугубились вследствие национальных противоречий между саксами и кельтами. Старая вера выжила в мятежных горах, но равнинные жители приняли нововведения.
Король Иаков VI проводил свою политику в условиях ожесточенного соперничества между различными партиями аристократов, пока не добился твердой власти над всеми мятежными элементами в Шотландии. Католичество сохранилось в самых глухих местах, но король сделал официальной религией страны протестантизм, в то же время борясь с его крайними проявлениями. Продемонстрировав терпение и изобретательность и прибегнув к взяткам, король убедил очередную церковную ассамблею, собравшуюся при Пертской церкви Кирк Сент-Джонс, вернуться к епископальной системе управления и принять известные «Пять статей Перта». Были, в частности, восстановлены коленопреклонение при причастии, совершаемое епископом таинство миропомазания, основные посты и праздники церкви. Дальше этого он пойти не посмел, всегда придерживаясь одного очень важного принципа в политике: не делать ничего, что привело бы к объединению аристократов и кальвинистов. Он проявил осмотрительность, когда вернул в церковь епископов, но не попытался вернуть источники их доходов, которые были захвачены шотландскими аристократами во время Реформации. Епископы при Иакове были покорны и осторожны в своих действиях, стараясь лишний раз не раздражать лордов. Более того, король оставил в неприкосновенности приходскую организацию церкви, чтобы система нравственного и религиозного контроля в каждой деревне и общине была основана на женевской модели. С помощью старейшин и частых приходских собраний удавалось поддерживать дисциплину и контролировать как священников, так и прихожан.
Король Карл не желал вмешиваться в эти дела. Когда он отправился с визитом в Шотландию, а это произошло только на девятом году его правления, то распорядился провести официальную церемонию коронации в Холируде. Во время нее произошел инцидент, когда лорд-канцлер в ответ на просьбу короля пропустить вперед архиепископа Сент-Эндрюса ответил, что скорее подаст в отставку, чем сделает это. «Я не намерен больше иметь дело с этим злобным подагриком», – в гневе произнес король, все же пойдя на уступку. Внешне коронация прошла так, как того желал король, но мысли аристократов были далеки от происходящего перед их глазами. Лорд Рот, который нес меч во время церемонии, несколько дней спустя попытался передать королю петицию, направленную против епископов.