Наконец, нет нужды в отождествлении метода и теории еще и потому, что роль теории фиксируется и осмысливается методологией науки в понятиях эвристической, методологической, объяснительной, предсказательной и других ее функций. Отождествление метода и теории вызывает возражения также потому, что с этой точки зрения сложно объяснить существование предтеоретических периодов в развитии науки. История науки свидетельствует о том, что научное познание в своем развитии проходит стадию накопления эмпирического материала, которая предваряет фазу становления развитых, подтвержденных теорий в тех или иных науках. Это означает, что познание в тех условиях осуществляется, развивается на основе методов, сформировавшихся до теории. Например, предтеоретический период в истории биологии характеризуется использованием эмпирических методов, направленных на описание живых организмов, их классификацию, сравнение и т.д. Преобладающими методами биологического исследования были сравнительный метод и метод наблюдения. Разумеется, предтеоретический период развития научного познания в отсутствие подтвержденных зрелых теорий нельзя трактовать в том дуче, что исследование в науке может осуществляться как чисто эмпирический, не имеющий никаких теоретических предпосылок и оснований процесс.
Надо напомнить, что основаниями осуществления научного потенция и соответственно функционирования научных методов являются, во-первых, познавательный опыт, практика исследования, а во-вторых, вся совокупность предметного знания, где в отсутствие сформировавшихся теорий определяющее место занимает философия, теоретические обобщения которой образуют необходимую теоретическую базу познания. Именно такого рода философское знание образует основу нормальной работы методов, их совершенствования, основу исторического формирования научных теорий и зрелой науки. Иными словами, история научного познания подтверждает самостоятельность метода, показывает, что метод соотносится не только с теорией. Его природа и выполняемые им функции осуществляются в широком контексте научного, философского знания, познавательной практики. Как уже отмечалось, Р. Декарт не случайно в исследовании, посвященном методу, формулирует предписания метода, обосновывает его роль в соотношении со всей совокупностью знания, не выделяя специально его связи с теорией.
Проблема соотношения теории и метода была по-настоящему осознана, реально привлекла внимание исследователей на том этапе развития научного познания, в частности, его теоретического уровня, когда наука добилась теоретической самостоятельности по отношению к философии. В этой ситуации возник вопрос: необходим ли метод как средство построения самой теории, как способ получения теоретического знания, если метод сводится к функции теории. Известно, например, что аксиоматический метод построения теории не может быть ее функцией, так как процедура выдвижения исходных аксиом, их интерпретации и правила определения понятий, а также правила дедуктивного вывода конечных следствий находятся за пределами данной теории в области метатеории, методологии, логики, психологии творчества.
Выше было показано, что отношения теории и метода существуют как отношения между самостоятельными и в то же время взаимосвязанными, взаимообусловленными элементами науки, формами научного познания. Теория и метод как формы познания различаются своими функциями, ролью в процессе отражения действительности; в вестно, например, что аксиоматический метод построения теории не может быть ее функцией, так как процедура выдвижения исходных аксиом, их интерпретации и правила определения понятий, а также правила дедуктивного вывода конечных следствий находятся за пределами данной теории в области метатеории, методологии, логики, психологии творчества.
Выше было показано, что отношения теории и метода существуют как отношения между самостоятельными и в то же время взаимосвязанными, взаимообусловленными элементами науки, формами научного познания. Теория и метод как формы познания различаются своими функциями, ролью в процессе отражения действительности; в то же время необходимо учитывать тесную связь и взаимную обусловленность данных познавательных форм, так как отражательная и регулятивная, методологическая функции научного познания тесно связаны друг с другом. Научное познание может происходить лишь как упорядоченный, организованный процесс, а упорядоченность научного познания, его рефлексивность, осмысленность являются необходимым условием осуществления отражательной функции, т.е. функции получения истинного знания.