Большинство мадрепоровых кораллов — колониальные организмы. Колония насчитывает много тысяч отдельных полипов, соединенных между собой каналами, проходящими в порах скелета. Каждый полип снабжен венчиком щупалец, окружающих ротовое отверстие. При любом неблагоприятном воздействии полип втягивается в чашевидную полость в толще скелета. Новые полипы возникают путем почкования, благодаря чему вся колония растет. При половом размножении кораллов в результате развития яйца образуется маленькая, покрытая ресничками личинка — планула. Покинув родительскую колонию, планула некоторое время ведет планктонный образ жизни, а затем прикрепляется к какой-либо твердой поверхности и превращается в первого полипа — основателя новой колонии.
По форме колоний мадрепоровые кораллы отличаются чрезвычайным разнообразием. Они бывают кустистые, пластинчатые, древовидные, шаровидные, воронковидные и т. д. и т. п. К этому следует еще добавить, что некоторые мадрепоровые кораллы не образуют колоний. Одиночный полип при этом достигает величины до 30 и более сантиметров.
Разнообразен и цвет живых мадрепоровых кораллов. Желтая окраска зависит от присутствия в тканях кораллов симбиотических водорослей, красный и голубой цвета обусловлены собственной пигментацией полипов. Тем, кто хоть немного знаком с цветной фотографией, известно, что каждый из трех цветоносных слоев фотопленки несет одну из этих основных красок. Благодаря их сочетаниям в различных пропорциях и получается полная цветовая палитра диапозитива или фотокарточки. Эти же три цвета лежат в основе удивительно разнообразной гаммы расцветок, создающей характерный пестрый фон кораллового рифа.
К сожалению, чудесный цвет мадрепоровых кораллов не сохраняется в коллекциях, он пропадает при гибели полипов. Мертвый коралл, точнее его скелет, тоже по-своему прекрасен, но имеет сахарно-белую окраску, так как состоит из чистой извести.
Колонии одного и того же вида кораллов из спокойной лагуны и с прибойной части рифа выглядят совершенно различно. Иногда они отличаются друг от друга даже больше, чем разные виды, поселяющиеся в одном и том же месте. Между крайними формами колоний одного вида существует множество переходов. Неудивительно, что зоологи не сумели сразу разобраться в этом сложном сочетании признаков и до сих пор не могут прийти к единодушному мнению об истинном количестве видов мадрепоровых кораллов. Впрочем, за последние годы наметилась явная тенденция к сокращению списка видов кораллов. Так, немецкий зоолог А. Кестнер в своем «Руководстве по зоологии» в 1954 году утверждал, что их не менее 2500, а его соотечественник, автор книги «Коралловый риф» (1976 г.) Г. Шумахер насчитывает всего лишь около 600 видов.
Мадрепоровые кораллы составляют основу каждого кораллового рифа, представители всех остальных групп кораллов играют в сообществе второстепенную или подчиненную роль.
Почти на каждом рифе имеются гидрокораллы из рода миллепора. Их легко узнать по нежной светло-желтой окраске, а также по отсутствию ячеек на поверхности скелета. Полипы гидрокораллов едва видны простым глазом. С мадрепоровыми кораллами они находятся в относительно далеком родстве, зато близки по систематическому положению к гидроидам. Подобно этим последним жизненный цикл гидрокораллов заключается в чередовании поколений — от колонии полипов отрываются крошечные медузки, которые несут половую функцию и играют важную роль в расселении вида. Миллепора в отличие от всех других рифообразующих кораллов способна вызывать на теле прикоснувшегося к ней человека довольно ощутимые «ожоги».
На многих коралловых рифах Тихого и Индийского океанов, кроме колоний кораллов с жестким известковым скелетом, имеются еще и мягкие кораллы. Их скелет состоит из множества мельчайших известковых иголочек. Колонии мягких кораллов либо стелются в виде ковриков, либо имеют форму старинных граммофонных труб, либо же разветвлены в виде небольшого деревца с толстым стволом и ветвями. В последнем случае колония может наполнять систему внутренних каналов морской водой и благодаря этому увеличиваться в размере. При удалении воды она сморщивается и уменьшается. Полипы мягких кораллов, хотя и невелики по размерам, хорошо видны невооруженным глазом. Каждый из них снабжен венчиком из восьми перистых щупалец. Благодаря им древовидные колонии напоминают фантастические растения (преимущественно розового или красного цвета), обсыпанные мелкими светлыми цветами.