Ни Тимур, ни его потомки не хотели, да и не могли отказаться от кочевых традиций, а эти традиции плохо совмещались с исламом. С точки зрения правоверных мусульман, кочевники отводили женщинам слишком высокую роль, на пирах ханов вино лилось рекой, в войске поддерживались традиции шаманизма. Сколь ни почитали тимуриды Мекку, их основные помыслы были устремлены в кыпчакские степи, где наследники Чингисхана мерились силами на пространстве от Алтая до Волги. Биография тимурида включала в себя казаклик — обязательный период странствий в Степи, период войн и разбоя. Даже утонченный поэт Хуссейн Байкара участвовал в борьбе между наследниками Золотой Орды. Кочевники настороженно относились к городской культуре покоренного населения. «В городе даже турецкая собака лает по-персидски», — гласила тюркская пословица, предостерегавшая от утраты кочевой удали. Тимур, наставляя своего наместника в Западном Иране, велел опасаться не султана Ахмеда из рода монголов, которого «таджики сделали своим», а «Кара-Юсуфа, ибо он туркмен», настоящий кочевник.
Ираноязычное население не менее враждебно относилось к тюркской власти. Сопротивление носило в основном религиозный характер. Большое распространение получило движение махдизма, шиитских орденов, ожидавших прихода 12-го имама. Тайные общества сарбадаров («висельников»), провозглашая восстановление истинных исламских порядков, выступали против грабежей и неканоничных поборов и могли временно контролировать целые области. Одно из таких «государств» просуществовало в Хорасане более 40 лет. Тимур в борьбе с соперниками вступил в союз с сарбадарами Самарканда, но истреблял их в Иране.
На территории Мавераннахра Тимур установил тесный союз с местными горожанами, из их среды формировались вспомогательные отряды пеших воинов, брались кадры для управленческого аппарата. Постоянные войны были необходимы хотя бы для того, чтобы воины-кочевники не грабили свое население, довольствуясь добычей. При этом целью походов Тимура было и восстановление контроля над Великим шелковым путем на максимальной его протяженности. Для этого он устранял конкурентов (был ослаблен Хорезм), стремился блокировать альтернативные маршруты (прежде всего северный путь через кыпчакскую степь до итальянских факторий на Черном море).
Создать прочную континентальную державу тимуридам не удалось. В течение века они удерживали под своей властью лишь Мавераннахр и Хорасан. Военные держания быстро превращались в наследственные владения, пользующиеся правами иммунитета (тарханы). Но в оазисах Хорасана и некоторых областях Мавераннахра удавалось организовать более стабильное налогообложение.
Происходил и культурный синтез. Неформальным влиянием на тимуридов пользовался суфийский орден (тарикат) Накшбанди с центром в Бухаре. В Герате соученик Байкары по медресе поэт Алишер Навои, став визирем, способствовал превращению Герата в столицу «тимуридского ренессанса», привлекая лучших поэтов, художников, каллиграфов и архитекторов. В поэмах, составленных не только на фарси, но и на чагатайском языке, Навои выражал суфийские идеи, пытаясь обосновать достоинство тюркского языка как языка культуры.
Как бы далеко ни зашло развитие исламской культуры, тимуриды оставались верны тюркской политической концепции. Страна считалась коллективной собственностью ханского рода, и каждая смена власти сопровождалась междоусобицами. Такие войны в начале XVI в. привели к тому, что Мавераннахр был завоеван кочевниками-узбеками Шейбани-хана. Попытки молодого хана Ферганы, Бабура, отвоевать Самарканд не увенчались успехом, и он вынужден был покинуть родные места. В 1506 г. после смерти Хуссейна Байкары узбеки завоевали и Герат.