Политика Акбара в отношении немусульман была примером веротерпимости. Он поставил своей целью преодолеть враждебность индусов и мусульман, создать атмосферу уважения к чуждым мусульманам религиозным воззрениям, превратить верхи индусской общины, брахманов и раджпутов, в социальную опору власти. В 1570 г. Акбар начал строительство новой столицы недалеко от Агры, города Фатехпур-Сикри, в архитектуре которого органично слились индусские и мусульманские стили. Одним из зданий было Ибадат-хане (букв. «Дом богослужений», или «Дом ритуалов»), служившее местом теологических дискуссий. В нем Акбар восседал на троне в середине павильона, а на круговой галерее вокруг собирались и вели религиозные диспуты мусульманские улемы разных толков, брахманы, джайны, парсы и даже монахи-иезуиты, которых Акбар специально пригласил из Гоа.
Он официально провозгласил солх-и-кул — принцип веротерпимости. Раджпуты и брахманы стали непременной составной частью двора. Поощрялось изучение индуистских культов, было разрешено строительство индусских храмов, проведение индусских празднеств. В 1562–1564 гг. были отменены налог на индусских паломников и джизъя — подушная подать с немусульман. Был запрещен убой коров, тем самым государство демонстрировало, что оно уважает религиозные чувства индусов. С 1580 г. Акбар стал появляться на приемах с брахманским знаком на лбу. При этом он оставался правоверным мусульманином, правда, последователем суфиев и в то же время сторонником рационального подхода к религии. В сентябре 1579 г. он объявил себя высшим авторитетом в вопросах ислама, а затем основал новую религию Дин-и-иллахи («Божественная вера»). Вряд ли он хотел религиозно объединить индусов и мусульман, выработав систему верований, приемлемую для всех. Никаких мер по привлечению индусского населения к новой религии не проводилось.
Стремление к пониманию религиозной истины за пределами узких рамок традиционного ислама, интерес к индусской культуре, поиски общих духовных ценностей сопровождали весь «мусульманский» период истории Индии. Шел процесс синтеза конфессионально различных культур. Особенно ярко он проявился при Акбаре, когда довольно большая группа высокообразованных людей составила окружение императора. Мусульманские законники встретили все эти нововведения резкими протестами. В 1580–1584 гг. вспыхнуло восстание в Бенгалии и Бихаре под лозунгами «защиты ислама». Кази (от арабского кади — судья) Джаунпура издал фетву, обвиняя Акбара в вероотступничестве. Еще одно восстание против «неверного» падишаха поднялось в Кабуле. Восстания были подавлены, мятежные муллы понесли суровые наказания, но Акбару пришлось пойти на некоторые уступки. Он перестал собирать вокруг себя немусульманских богословов (кстати, Фатехпур-Сикри с его Ибадат-хане к этому времени был оставлен, поскольку оказалось, что в его окрестностях нет запасов воды, достаточных для жизни большого города), стал отпускать средства на строительство и ремонт мечетей.
Период правления Акбара — это время хозяйственного расцвета. Умеренные налоги способствовали подъему сельского хозяйства и ремесла. Росла внутренняя и внешняя торговля. Акбар снизил пошлины до 2,5 % и отменил все дополнительные поборы с торговцев и акцизы. Его система управления, постепенно размываясь, все же позволила Могольской державе оставаться могущественным государством еще целый век. Укрепление государства и экономический расцвет способствовали развитию блестящей культуры при могольском дворе, монументальному строительству.