К началу XVI в. сильнейшим среди соседей являлось Макоко, за ним следовало Конго. Однако помощь португальцев способствовала возвышению последнего, и в итоге Конго заняло обширные пространства в основном к югу, но также и к северу от низовий одноименной реки. С 1482 г. в Конго из Португалии прибывали торговцы и миссионеры. Их влияние в стране усилилось после того, как принявший католицизм принц Афонсу в 1506 г. победил в борьбе за трон брата-язычника и короновался под именем Афонсу I. Видя в португальцах торговых партнеров и помощников в борьбе с сепаратизмом провинций, он окружил себя заморскими советниками, а с 1512 г. один из них — светский или духовник маниконго — официально входил в придворный совет, со временем получив те же полномочия, что и глава совета.
Афонсу правил до 1543 г. Историки часто сравнивают его с Петром I: как и русский царь, он стремился европеизировать свою страну. Афонсу придавал большое значение христианизации и созданию слоя европейски образованных людей, внедрению европейских принципов градостроительства, ремесленной техники, придворного этикета, одежды знати и т. п. По его просьбе при дворе Мануэла I Португальского был составлен обширный план преобразований с целью превратить Конго в централизованное государство европейского типа. Централизации были призваны способствовать обучение элиты (в первую очередь, членов правящего клана) и создание конголезской церкви во главе с сыном Афонсу Энрике, епископом и наместником в провинции Мпангу. Именно в Конго христианские миссионеры добились наибольшего успеха за весь доколониальный период африканской истории.
Большие расходы на европеизацию покрывались за счет увеличения поборов с населения и экспорта рабов, что порождало огромные проблемы и внутри страны, и в ее взаимоотношениях с соседями. Не случайно в 1526 г. Афонсу попытался (безуспешно) запретить работорговлю. Кроме того, Португалия пресекала все попытки Конго установить прямые связи с другими европейскими державами и Ватиканом, стремясь получить исключительный доступ к богатствам страны. В 20-х годах XVI в. отношения между Конго и Португалией обострились. Следующему выдающемуся правителю Конго, внуку Афонсу Диогу I (1545–1561), несмотря на стремление продолжать реформы, пришлось вести многочисленные войны и бороться с попытками европейского вмешательства во внутренние дела страны, что привело к нарастанию напряженности в отношениях с церковью.
После смерти Диогу началась вооруженная борьба за трон между ставленниками португальцев и их соперниками, мятежи в провинциях и вторжения извне народов суква и яга, приведшие к оккупации Конго. Последние разрушили столицу Мбанза-Конго и удерживали власть в стране с 1568 по 1575 г., когда их изгнали португальцы, вмешавшиеся в ход событий по просьбе маниконго Алвару I (1568–1587). Конго было освобождено, но вновь попало в зависимость от Португалии. Чтобы ослабить ее, маниконго Алвару II (1587–1614) начал устанавливать отношения с Нидерландами, а в 1613 г. ему, наконец, удалось наладить прямые связи с Ватиканом. Голландцы же в 1665 г. спровоцировали войну между Конго и португальцами. Маниконго Антониу I денонсировал договор 1651 г. об уступке Португалии Луанды и областей к югу от р. Данде и изгнал из страны португальцев. Но в битве при Амбуиле Антониу потерпел сокрушительное поражение и был убит. Хотя у португальцев не хватило сил занять страну, а новая попытка сделать это в 1670 г. завершилась для них разгромом, могущество Конго было подорвано, в том числе междоусобными войнами, шедшими в 1667–1710 гг.