Устройство заокеанских владений Португалии было иным. В начале XVI в. создавались фактории, обеспечивавшие товарообмен с аборигенами. Посылаемые короной флотилии следили за тем, чтобы на побережье не закреплялись представители конкурирующих держав. В 1534–1536 гг. прибрежная зона Бразилии была разделена на 15 частей (капитаний), переданных в наследственное владение 12 дворянам. Им предстояло наладить оборону территорий и обеспечить их заселение и экономическое освоение. Поскольку не все капитаны справились с поставленными задачами, с 1548 г. по распоряжению короля начала формироваться система централизованного управления колониями. Бразды правления вручались генерал-губернаторам, которые осуществляли полномочия, опираясь на относительно немногочисленный бюрократический аппарат и небольшие воинские контингенты. После 1580 г., когда Португалия оказалась под властью Филиппа II, Бразилия фактически попала под испанский контроль.
Владения других европейских государств в Америке были меньше по территории и численности населения, поэтому система управления в них не была столь разветвленной, ключевой фигурой обычно являлся губернатор колонии, полномочия которого определял монарх.
Основные направления экономического развития
На протяжении XVI в. хозяйственная жизнь многих областей Америки протекала достаточно бурно. Вторжение колонизаторов нарушило традиционный экономический уклад в индейском мире, не уничтожив его полностью. Адаптируясь к непривычным условиям, мигранты из Европы были вынуждены в той или иной степени использовать хозяйственные навыки коренных жителей. В то же время с приходом завоевателей в Новом Свете появились ранее здесь неизвестные сельскохозяйственные культуры и домашние животные, орудия труда и предметы обихода, которые постепенно распространялись среди и колонистов, и аборигенов.
Испанские монархи пытались направлять хозяйственное развитие заокеанских территорий. Экономические интересы короны была призвана отстаивать размещенная в Севилье Торговая палата (1503), которая контролировала поток мигрантов, трансатлантическую торговлю, а также ведала вопросами мореходства. С 1543 г. параллельно с ней в том же городе начал действовать объединявший местных купцов и защищавший их привилегии консулат. Доходы в казну обеспечивали разнообразные налоги.
Горнодобывающее производство и лесоразработки
. Едва закрепившись в Новом Свете, колонизаторы не столько заботились о производстве продуктов питания и потребительских товаров, сколько любыми способами приобретали дорогостоящее сырье и ценные изделия, воплощавшие собой богатство в представлении людей XVI в. Драгоценные металлы и камни, в меньшей степени редкие породы дерева, красители, лекарственные растения сулили роскошь и были удобны для вывоза.Испанские колонисты не без помощи аборигенов выявили множество месторождений золота и серебра, определили участки побережья для ловли жемчуга. Поиск и разработка коренных месторождений драгоценных металлов потребовали немало времени и сил, но богатейшие природные и людские ресурсы Нового Света позволили испанцам решить данные проблемы.
Важнейшим достижением стало открытие и освоение рудников Потоси (1545). Помимо них разработки велись в Сакатекасе (1546), Гуанахуато (1550), Пачуке (1552), Кастровиррейне (1555), Сомбререте (1558), Санта-Барбаре (1567) и в других районах, где в основном добывали серебро, хотя горные породы содержали некоторое количество золота, меди и других металлов. Золотоносные прииски были обнаружены во внутренних районах Новой Гранады (Антиокия), в провинции Кито (Сарума и Томебамба), в Перу (Карабайя), в Чили (Конфинес, Килакойя, Чоапа, Майпо). В целом золотодобыча в Новом Свете в XVI в. составляла 19 % мировой.
Честь обнаружения ртути в Новом Свете принадлежит Энрике Гарсии, горняку, имевшему опыт работы на рудниках Альмадена; в 60-е годы XVI в. была начата ее разработка в местечке Уанкавелика. Введение монополии на добычу ртути позволило короне влиять на владельцев золотых и серебряных копей, нуждавшихся в жидком металле для проведения амальгамации (обработки руды ртутью для получения ее сплава с серебром).
В испанских заокеанских владениях были найдены изумруды (совр. Колумбия), жемчуг (остров Маргарита, Кубагуа, северное побережье Южной Америки), поделочные камни. Помимо них в колониях добывали соль, цветные металлы, строительный камень и древесину. Хотя в колониях были обнаружены и железные руды, их практически не разрабатывали.