«Обновленное земское устройство» и мандат Фердинанда II от 1627 г. предусматривали новое устройство чешских земель, в частности увеличение полномочий чешской придворной канцелярии в Вене к ущербу для чешского сейма и других органов самоуправления, которые формально сохранялись. Земских чиновников теперь назначал монарх, и они несли ответственность только перед ним. В сейм вводилось католическое духовенство. Католичество объявлялось единственной государственной религией. Всем некатоликам предлагалось сразу перейти в католическую веру или эмигрировать, в кратчайший срок распродав свое имущество, в том числе земли. Сразу же возникли спекуляции с куплей-продажей земли, в результате которых резко обогатилось несколько лиц, прежде всего А. Валленштейн (Вальдштейн), бывший протестант, ставший позднее военачальником императорских войск в Тридцатилетней войне и обеспечивший трону многие победы. В Чехии он создал из приобретенных за бесценок земель крупнейшее панство, что позволило ему проводить самостоятельную политику и вести переговоры с протестантской эмиграцией, предлагавшей ему чешскую корону. Эмиграция из Чехии достигла колоссальных размеров, в основном покидали страну образованные люди, мелкое и среднее дворянство. За рубежом чешская эмиграция была политически активна, однако ее призывы не повлияли на исход Тридцатилетней войны: по Вестфальскому миру 1648 г. Чехия осталась наследственным владением Габсбургов. Сама война, многие сражения которой проходили на чешской территории, разрушила экономику страны, резко сократила численность населения, главным образом сельского. Люди жаждали мира, поэтому дали отпор шведской протестантской армии, в конце войны попытавшейся взять Прагу. Наметилась консолидация общества на основе верности Габсбургам и католицизму. Изменилась структура дворянства: в Чехии земли получили генералы и офицеры императорской армии, составившие так называемое интернациональное дворянство, чуждое чешским традициям, но открытое европейским культурным влияниям. Представители старых чешских аристократических родов, напротив, устремились в Вену, где, занимая в XVII–XVIII вв. ответственные должности, фактически руководили внешней и внутренней политикой империи. В XVII в. они еще не порвали связи с чешской средой, ее культурой и языком. Экономический кризис после войны способствовал дальнейшему закрепощению крестьянства, что было необходимо для успешного существования фольварочного хозяйства. Это стало причиной крестьянских восстаний 70-х годов XVII в. и повлияло на составление барщинного законодательства Леопольда I. Все земельные участки были описаны в кадастрах, введено налогообложение в соответствии с природными качествами земли.
Рекатолизация проходила в мирных формах, медленными темпами, без насильственных мер, но уверенно. В этом состояла заслуга как пражского архиепископа, так и иезуитов — главных деятелей Контрреформации. Они блестяще справились со своей задачей: создать новую католическую барочную культуру взамен прежней протестантской, в основе своей гуситской, но одетой в ренессансные одежды. Во второй половине XVII в. под управление иезуитов был передан Пражский университет, который превратился в международный центр науки («вторая схоластика»), стал прибежищем неортодоксально мыслящих ученых. В Праге читали лекции, пропагандировавшие открытия Коперника и Галилея, Я. Марци занимался исследованиями в области физики и оптики, его открытия имели мировое значение. При университете возникло иезуитское книжное издательство «Наследие св. Вацлава», печатавшее на чешском языке религиозно-просветительскую литературу для массового читателя. Она способствовала переходу чешской словесности в новую фазу: язык эпохи барокко, утратив искусственную классичность Ренессанса, стал ближе к простонародному, разговорному. Чешские поэты и писатели, связанные с рекатолизацией, обращались к простому народу на его языке. Распространение получил жанр песенников религиозного содержания. Выдающимся поэтом-композитором проявил себя А. Михна, с которого началась традиция чешского канторского искусства, благодаря которому в XVIII в. Чехия станет «консерваторией Европы». К. Шкрета поднял чешскую живопись на европейский уровень, а эмигрант В. Холлар в своих графических видах городов создал «портрет» Европы XVII в. Официальное равноправие чешского и немецкого языков не означало их равенства, поскольку они стали выполнять разные социальные функции: немецкий являлся языком учреждений, вытесняя там чешский и латынь, а чешский низводился до «простонародного диалекта», хотя в быту им продолжало пользоваться чешское дворянство.