Поскольку основная армия империи была в это время занята войной в Европе, против восставших посылались отдельные военачальники с наемными войсками, т. е. с такими же выбившимися из прежней социальной среды воинами, как и восставшие, которых они должны были усмирить. Нередки были случаи, когда паши, посланные правительством для подавления восстаний, но оказавшиеся не в состоянии выполнить возложенное на них поручение, опасаясь гнева султана, переходили на сторону джеляли и даже становились их руководителями. Правительство же, желая привлечь на свою сторону наиболее популярных руководителей восстаний, предлагало им порой высокие административные должности, например бейлербеев и санджакбеев, правда, в Румелии, а не в Анатолии, где они действовали как джеляли. И такие предложения принимались. Справиться с восстаниями правительство смогло лишь после спешно заключенного мира с Австрией (1606 г.) и использования освободившейся армии для подавления движения. Однако отдельные выступления джеляли продолжались в течение всей первой половины XVII в.
Восстания пагубно сказались на судьбах многих групп населения, но особенно крестьянства. В Анатолии фактически все воевали против всех. С 1603 г. начинается так называемое «великое бегство» (бююк качгунлук) крестьянства, вынужденного из-за опустошений, вызванных военными действиями, покидать свои дома и деревни. Часть крестьян присоединялась к войскам джеляли, другие нанимались в правительственные войска, но подавляющее большинство пыталось бежать в более спокойные районы империи. Переписи второго десятилетия XVII в. фиксируют, например, увеличение на Балканах числа людей, прибывших из Анатолии и платящих джизье, т. е. немусульман. Туда бежало прежде всего христианское население Анатолии, а потому коренным образом менялась этническая и конфессиональная картина этой части империи. В результате «великого бегства» многие районы Анатолии лишались крестьянского населения, стал сокращаться ареал земледельческой культуры. Начинало преобладать скотоводство. Период джеляли, следовательно, затронул не только социальную и демографическую сферы, но и хозяйственную основу жизни Анатолии.
После подавления восстаний правительство формально восстановило в Анатолии тимарную систему и сипахийское ополчение, но не устранило те язвы, которые разъедали эти институты изнутри. Продолжало расти число чифтликов на землях крупных тимаровладельцев. Основная же масса тимариотов оставалась хотя и многочисленной (в XVII в. империя могла собрать до 200 тысяч сипахи-кавалеристов), но материально хуже обеспеченной и жаждущей новых земель.
Возрастание роли капыкулу в военной и управленческой структуре империи
В османской армии сипахийская кавалерия перестает быть главной ударной силой. Возрастает роль капыкулу («рабов [августейшего] порога»), выходцев из девширме, рабов с Кавказа, профессиональных воинов, состоящих на жалованье у султана. Среди капыкулу наиболее известно пехотное войско — янычары, но были и другие подразделения, как пехотные, так и кавалерийские, вспомогательные, а позднее и имевшие особое техническое оснащение (например, пушкари и т. п.). Кроме денежного жалованья, они получали от казны пропитание, экипировку, вооружение. Только на их жалованье уходило более половины всех доходов государства (данные бюджета 1660/61 финансового года). Не случайно выходец из сипахийской среды Кочибей в обращении к султану в 40-х годах XVII в. писал о засилье иноземных элементов во всех органах власти. Недовольство в османском обществе было вызвано не столько этническими, сколько социальными противоречиями, но выходцы из девширме (набора мальчиков из семей христианских подданных империи) были действительно не турками и не мусульманами по происхождению, что усугубляло конфликтность ситуации.
Верхушка капыкулу, занимая должности везиров и бейлербеев, членов султанского дивана и командиров войск, состоящих на жалованье, приобщалась к отличному от тимаров сипахи типу земельных пожалований — хассам и арпалыкам, которые не передавались по наследству, были связаны с определенной должностью, но имели более крупные размеры, чем все прочие султанские пожалования. В крупных владениях капыкулу и дворцовой знати появляются управители, сами же их владельцы продолжали жить и работать в столице или ином назначенном султаном месте, являясь лишь своего рода рентополучателями. Но они все больше претендовали на тот земельный фонд, который ранее кормил сипахи. Порою, правда, используя тот же термин «тимар», за капыкулу записывали и доходы с неаграрных или вообще неопределенных источников поступлений. Так, при размещении янычарских отрядов в провинциях их командирам был положен тимар, но представлял он собой не что иное, как отчисления от жалованья подчиненных им янычар. Следовательно, сохраняясь формально и включая в себя верхушку капыкулу, тимарная система перерождалась изнутри.