Колонии отличались конфессиональной пестротой: в Виргинии преобладали католики, в Пенсильвании — квакеры, в Массачусетсе — пуритане. В ряде колоний установилась веротерпимость (законодательно это было впервые зафиксировано в Мэриленде в 1649 г.). Иным было положение в Массачусетсе, где пуритане пытались построить «Град Божий на земле», проявляя религиозную нетерпимость. Именно в Массачусетсе в конце XVII в. развернулись события, уникальные для английских колоний в Америке.