Наиболее популярным литературно-философским течением конца XV — начала XVI в. стал унаследованный от медичейской Флорентийской академии неоплатонизм, сохранявший влияние до конца столетия. Гуманистов учение Платона привлекало своей диалогической формой и теорией познания, трактовавшей творчество как любовь или стремление порождать в красоте. В XVI в. платонизирующие теории любви берутся на вооружение авторами популярных трактатов об идеальном придворном (Бальдассаре Кастильоне) и литературными теоретиками (Пьетро Бембо). Учение о всеобщей одушевленности и космической силе любви исходит из единства мира, изначальной связи Бога и природы, оно сродни пантеизму, т. е. идее божественного присутствия во всех вещах. Подобные взгляды, включающие в себя представление о «симпатической связи» вещей и обосновывающие практику астрологии и магии, развивали крупнейшие итальянские натурфилософы XVI в. Джироламо Кардано (1501–1576), Бернардино Телезио (1509–1588), Франческо Патрици да Керсо (1529–1597). Идея практического использования знания сочетается у них с утверждением о его элитарности, о доступности скрытого высшего знания только для посвященных. Отголоски платонизма слышны в трактатах доминиканца Джордано Бруно (1548–1600), приговоренного к сожжению на костре по обвинению в ереси. Бруно был сторонником теории Коперника и говорил о существовании бесконечного числа миров.
Другим и более традиционным философским направлением считается аристотелевская, или перипатетическая школа, оплотом которой были университеты, прежде всего Падуанский. Ее представителей принято считать продолжателями схоластики, хотя они внесли свой вклад в развитие рационализма Нового времени, особенно благодаря исповедуемым многими из них принципам аверроизма: учению о единстве разума в индивидах и вытекающему из него отрицанию бессмертия индивидуальной души. Выходцем из Падуанского университета был Телезио, а наибольшую известность приобрел его профессор Пьетро Помпонацци (1462–1524), автор наиболее антиклерикальных концепций, принципиально отрицавший возможность и необходимость загробного воздаяния. Университет был также важнейшим центром изучения медицины и астрономии, в нем преподавал Галилей.